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adf:sers [2019/12/08 21:10] – [结果查看] liu.junadf:sers [2020/12/02 15:27] (当前版本) – 移除 liu.jun
行 1: 行 1:
-======如何计算表面增强拉曼光谱SERS====== 
-表面增强拉曼（Surface-Enhanced Raman Scattering，简称SERS），用通常的拉曼光谱法测定吸附在胶质金属颗粒如银、金或铜表面的样品，或吸附在这些金属片的粗糙表面上的样品。人们发现被吸附的样品其拉曼光谱的强度可提高10<sup>3</sup>-10<sup>6</sup>倍。 
- 
-[[http://www.tudou.com/listplay/ceKQlrdUJ9E/iBz5UuCm198.html|土豆视频教程（英文、含PPT）]] 
- 
-该功能最新应用案例： 
-  * [[https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2019/me/c9me00032a/unauth#!divAbstract|Optimizing linear polymer affinity agent properties for surface-enhanced Raman scattering detection of aflatoxin B1(Molecular Systems Design & Engineering, 2019)]] 
-  * [[https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.analchem.9b00773|Physicochemical Trapping of Neurotransmitters in Polymer-mediated Gold Nanoparticle Aggregates for Surface-enhanced Raman Spectroscopy(Analytical Chemistry, 2019)]] 
-  * [[https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.langmuir.9b00371|Adsorption of Mono- and Divalent 4-(Dimethylamino)pyridines on Gold Surfaces: Studies by Surface-Enhanced Raman Scattering and Density Functional Theory (Langmuir, 2019)]] 
- 
-将体系分为两个区（如何分区，参考[[adf:creatregion]]），其中一个区是我们关心的$N_2$分子，另一个区是Ag团簇。坐标： 
-<code> 
-Ag      -0.78710276      -1.18723717      -5.19998396 
-Ag      -3.20688534      -4.27615630       0.52381488 
-Ag      -0.12646414      -1.67089073      -1.68832240 
-Ag       4.03606437       3.81485517       0.22636528 
-Ag      -4.49329136       0.29379362      -2.32943913 
-Ag      -4.28427823       0.50671735       0.25443950 
-Ag      -0.64474002      -5.23177377       0.62271930 
-Ag      -4.41524213      -1.03433747       2.59771127 
-Ag       0.22890684      -1.69418143       2.12056108 
-Ag      -2.12864171      -1.46314517      -3.02487379 
-Ag      -1.87066894      -1.69690251       0.37797356 
-Ag      -2.03241174      -2.51334512       2.85559661 
-Ag      -0.13590655      -2.02105064       5.86170454 
-Ag      -6.57833775      -0.62839167      -0.66294007 
-Ag      -6.69693616      -0.45774318       1.06688589 
-Ag      -2.44006078       1.85029498      -3.46952334 
-Ag      -2.05350048       1.72819691      -0.25716005 
-Ag      -2.31064865       0.84325314       2.80982687 
-Ag      -4.44916379       3.71662598       0.02227649 
-Ag      -0.32839218       1.46976354      -5.00298549 
-Ag      -2.15866775       3.38618159      -1.28487451 
-Ag      -3.97656170      -1.91667994      -0.89790325 
-Ag      -4.24574836      -1.83693426       1.59008479 
-Ag       0.09947932       1.94844336      -1.79330654 
-Ag       1.77925149      -5.84182724      -0.01134274 
-Ag      -1.65506678      -3.64736487      -1.44483784 
-Ag      -1.78934499      -3.44260279       2.46406785 
-Ag       0.05087089       1.62265188       1.75361015 
-Ag      -2.65348557       0.84354323      -4.32555141 
-Ag      -2.03472663       0.37810289      -1.26904724 
-Ag      -2.06613509       0.11304236       1.92611241 
-Ag      -2.55308972      -0.94625972       4.82673744 
-Ag      -4.43097138       1.69141773      -1.56677911 
-Ag      -2.23191528       3.70742185      -1.60002719 
-Ag      -2.26172435       3.28818184       1.60013543 
-Ag       1.61530833      -1.70679197      -3.77942562 
-Ag       2.02228493      -1.93915593       0.06131287 
-Ag       2.14624846      -1.96078296       4.06886810 
-Ag      -0.38093457      -3.57366729      -3.78446425 
-Ag       2.09461019       2.07386369      -3.75973762 
-Ag       2.21258585       1.96868423       0.07331997 
-Ag       1.61985945      -3.80184288      -1.91899131 
-Ag       1.98464830      -3.87727071       1.93999963 
-Ag       1.68543545       1.74353508       3.98397139 
-Ag       1.79043863       0.09313437      -5.65261651 
-Ag       2.08747793       0.06391916      -1.84206497 
-Ag       2.30362107       0.00784791       2.05124557 
-Ag       1.58639800       0.03070700       5.94148903 
-Ag      -0.09211804      -3.81292653       0.16656658 
-Ag       2.00423625       3.99869950      -1.78785722 
-Ag       1.80452589       3.68267916       2.11462719 
-Ag       0.09491396      -3.81527594       3.88369339 
-Ag       2.09797431       5.74128654       0.36616628 
-Ag      -4.41096736       1.34675139       1.16472955 
-Ag      -0.07875768       0.50889352      -3.42180020 
-Ag       0.21740307       0.22446853       0.25449305 
-Ag      -0.02437253      -0.47219055       3.61931649 
-Ag       0.61601139       2.66656952       6.33548464 
-Ag      -0.22571357       3.76226463      -3.58328634 
-Ag       0.04578791       3.78397462       0.10012727 
-Ag       5.62382631      -2.31449804      -0.06401108 
-Ag       5.83796202      -0.07731982      -1.86356964 
-Ag       5.42835755      -0.51315480       2.13326314 
-Ag      -0.61239410       3.06378881       3.80624033 
-Ag       3.45409530      -2.41156739       1.60588056 
-Ag       0.13142549       3.75567595       0.24196626 
-Ag       5.89177453       1.67564102       0.35662583 
-Ag      -0.28836664       4.28686882       0.38754471 
-Ag       5.15094801       2.62540856      -2.11198407 
-Ag       3.70204012       1.66610249       2.04164747 
-Ag      -0.10667722      -5.80831946      -2.02539487 
-Ag       3.56553223      -4.26748773      -0.38865449 
-Ag      -0.12105479      -5.76147263       2.04514735 
-Ag      -4.61171098      -2.12756421       0.59485620 
-Ag       3.85369074      -2.04230816      -2.06587415 
-Ag       3.91819041      -0.01512561      -3.91699800 
-Ag       3.97393850      -0.16048323       0.00249353 
-Ag      -6.68889703       2.05356029       0.01171364 
-Ag       2.99368784      -0.56231110       3.57619093 
-N       4.93109324       5.29352835      -4.61699979 
-N       4.00117039       5.20800022      -4.01697610 
-</code> 
-$N_2$坐标 
-<code> 
-1 N      -1.589155179000      -3.872835440000      -0.002184062790     
-2 N      -0.676734370200      -4.496462309000      -0.014686388200     
-</code> 
- 
-=====参数设置===== 
- 
-{{ :adf:sers07.png?650 }} 
- 
-基本参数设置，注意任务类型选择Frequencies： 
- 
-{{ :adf:sers01.png?650 }} 
- 
-ADFinput > Model > DIM/QM，设置DIM/QM参数： 
- 
-其中Method中： 
-  * DRF：用于溶液－溶质的情况 
-  * CPIM：用于小的金属纳米颗粒表面的情况 
-  * PIM：用于大金属颗粒表面的情况 
-Region：分别将金属和分子勾选未DIM、QM part 
- 
-Dim Parameters：软件对一些金属元素已经内置了参数，因此本例中已经自动显示出来，如下图所示。如果某些金属材料没有参数，就需要用户自己设定。 
- 
-Options： 
-  * Local field：当分子与表面相互作用时，包括两种相互作用：image field、local field。前者默认包括，这里勾选是否包括后者。 
-  * Frequency：开启依赖于频率的参数。但这对某些Method不支持。 
-  * Forefield：使用Lenard-Jones势。 
-具体参数设置如下： 
- 
-{{ :adf:sers02.png?650 }} 
- 
-ADFinput > Properties > Raman, VROA，选择拉曼光谱的参数：Calculate选择Raman Full AORESPONSE，Frequency value设置入射激光的频率，本例为3.55eV；Damping设置峰宽，本例为0.0036749Hartree=0.1eV： 
- 
-{{ :adf:sers03.png?650 }} 
- 
-另外该功能仅支持数值频率，不支持解析频率，因此设置如下： 
- 
-{{ :adf:sers99.png?650 }} 
- 
-保存任务，有可能提示： 
- 
-{{ :adf:sers04.png?350 }} 
- 
-这是因为图形界面检查到整个体系（含金属），电子个数和自旋多重度不匹配。但实际上金属部分我们是做DIM区域处理，DFT实际上不计算这部分电子，因此可以忽略掉这个提示。 
- 
-{{ :adf:sers05.png?300 }} 
- 
-程序检测到体系包含金属Ag，因此建议开启相对论DFT方法。但实际上金属部分我们是做DIM区域处理，DFT实际上不计算这部分电子，因此可以忽略掉这个提示。 
- 
-=====结果查看===== 
-SCM > Spectra： 
- 
-{{ :adf:sers06.png?500 }} 
- 
-可以看到表面增强的拉曼峰位置、强度。 
- 
-比单独的<chem>N2</chem>峰强度要大两个数量级。峰的位置略有变化。如下图所示： 
- 
-{{ :adf:sers08.png?500 }} 
- 
  
adf/sers.1575810608.txt.gz · 最后更改: 2019/12/08 21:10 由 liu.jun

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