REMD通过多个不同温度MD副本数据交换，因此可以在更大的构型空间上取样，从而提高反应事件发生的概率。本文以硅单晶在水蒸气中氧化为例进行演示，比对是否使用REMD，对结果的影响。这种方法适合于有充分计算资源的情况。

软件版本要求大于或等于AMS2020.101。

本例是以软件内置硅单晶，制成含1000原子的二维表面，之后增加748个水分子

模拟步数设置为4万步，用户可以根据自己需求，设置其他步数。步数*步长=模拟时间。Sample Frequency是设置保存轨迹的频率，下面的设置是每500保存一次。保存的频率越低，生成的轨迹文件越大，如果不关心反应细微过程，可以设置较大，如果关心成键断键的详细过程，则建议设置为50。

点击上图中所示Thermostat按钮，进入NVT系综设置（点击Barostat进入NPT系综设置，需要在设置总步数的窗口设置起始温度）：

需要设置实现系综的方法，例如这里设置的是NHC，用户也可以选择其他算法。温度设置为上一步中设置的温度，另外需要设置Damping Constant，也就是温度振荡时间（一般不需要设置很长，10~100fs均可，对结果没有什么影响）其他参数默认即可。

这一步的设置，只跟REMD有关，如果不设置REMD，则跳过，直接保存任务并提交即可。

含义是：生成总共3个系统，其他设置相同，只是温度从上面设置的温度1500K，依次递增1.2倍。这2个副本系统与主系统之间交换数据，从而提高反应发生的可能性。

• 显然副本数越多，加速的效果越明显
• 温度系数则不宜太大，1.1~1.2是较为合理的，否则，例如8个副本，系数1.2，最高温度的副本，温度是1.2⁸倍
• REMD其他详细参数设置，参考新的分子动力学反应加速算法REMD

提交任务，注意核数必须≥系统个数，如何设置核数，请参考：正式版的安装、维护与升级。如果原子数小于1000，需要删除掉*.run文件中export NSCM=1这一行。

通过SCM - Movie查看反应过程。为了看的更清楚，我们将所有硅原子设置为棍状显示（选中一个硅原子，Select - Select atom of the same type - View - Molecule - Stick）。在完全相同的模拟条件与模拟步数，采用了REMD加速的情况下，硅的氧化程度显著更高（扩散到硅内部的O原子实际上形成了Si-O键）：

没有REMD的情况下，氧化程度小得多：

• 大幅提高温度
• Bond Boost
• fbMC，例如：文献重现：使用fbMC模拟石墨烯缺陷的自愈过程
• CVHD