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adf:qmmm2020

QMMM的基态计算

本文使用AMS2020.101完成。

QMMM参数设置

用户首先要为体系分区,便于后面设定哪个区使用QM、MM。我们以一个长链分子为例,其中一段-CH2-CH2-为QM区,其余部分为MM区域,分区设置如下:

基本参数设置:

  • Method:勾选QMMM
  • Embedding:可以选择静电、力两种方式,代表MM区域对QM区域的作用方式,一般情况应该选择静电的方式
  • Use capping atoms:我们设定的QM区域是-CH2-CH2-实际是不饱和的,和MM区域有“键”存在,该选项是是对这种切掉的键,对QM、MM区域,在程序计算中,通过类似加氢饱和的算法进行处理。但是并不会在模型上真正加H,所以QM区域不会与MM区域断键。如果是例如乙醇分子(QM)、水分子(MM)这样的体系,彼此都是饱和的,那就折不设置这个选项,就没有影响
  • QM的Region,选择分区为C2H4,该Region的计算引擎设定为ADF,实际上也可以选择DFTB。如果是周期性体系,则可以选择BAND、DFTB。
  • Not QM区域设定计算引擎为Force Field

如下所示:

然后点击窗口底部ADF 1、Force Field 1,分别为两个计算引擎设置详细参数:

这里,Force Field计算引擎,我们选择的是最简单的UFF力场(当然UFF力场的Force Field Library里面有MOF材料的力场,如果需要的话,可以选择)。

对UFF力场而言,这些设置就足够了。如果用户选择的是Amber、Tripos等力场,则还需要设置ForceField Charge以及ForceField Type:

设置完毕,保保存并运行任务。

结果查看

本例是进行结构优化,因此在SCM - Movie中可以看到优化过程,结构的变化。

可以看到QM区域与MM区域仍然是连接在一起的(Capping的作用机制)。其他性质计算类似,但目前QMMM不支持激发态的计算。

AMS提供免费试用,试用申请方式参考:AMS免费试用**

adf/qmmm2020.txt · 最后更改: 2022/01/20 16:18 由 liu.jun

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