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ETS-NOCV计算：聚合物的片段相互作用、电子转移
预备知识
由于pEDA分析支持正常k空间布点，而NOCV则只支持Gamma点，因此建议二者分别计算。本文使用AMS2019.301完成。
NOCV orbital、NOCV density、NOCV Def(ference) density的化学直观含义，参考：ETS-NOCV理论，尤其是ETS-NOCV方法将EDA（能量分解）中Orbital Interactions具体分解到不同轨道上
模型
这里我们跳过了结构优化的步骤。直接给出优化后的结构：
Atoms
H 0.4137584865093231 -1.364407896995544 -0.1048367694020271
H 3.905043363571167 -1.368606209754944 -0.1630810648202896
O -1.776240348815918 -0.0372278243303299 0.1618054360151291
O 1.821238875389099 0.03570600971579552 0.2059087008237839
H -1.408504962921143 1.645284414291382 -1.043372511863708
H 2.18213939666748 1.707667112350464 -1.009295344352722
H -0.3535199165344238 1.359930753707886 0.4157731831073761
H 3.295168399810791 1.394378900527954 0.39700847864151
C -0.8852173686027527 0.8954787254333496 -0.4305866062641144
C 2.724980115890503 0.945950984954834 -0.4311369955539703
O 0.03939072415232658 0.2860212028026581 -1.339725971221924
O 3.576916217803955 0.3126263022422791 -1.369324088096619
C 0.9520775079727173 -0.6158681511878967 -0.7048302292823792
C 4.457893371582031 -0.6303196549415588 -0.7661175131797791
H 1.498764157295227 -1.074758529663086 -1.543194055557251
H 4.984376907348633 -1.096200942993164 -1.611913681030273
O -0.781221330165863 -0.4054707288742065 -4.007828235626221
H -0.4269334971904755 -1.302894949913025 -4.186177730560303
H -0.4472250938415527 -0.1933794617652893 -3.102663278579712
End
Lattice
7.144288539886475 0.0 0.0
End
把这段数据直接复制到Input窗口即可。注意，此时Main窗口的Periodicity自动修改为Chain了，也就是一个真正的一维材料，外围为无限大的真空。
第二步：设置参数
参数设置详细介绍，参考：【入门基础教程】单点计算与BAND的基本参数设置。这里由于研究表面吸附，存在弱键，因此使用色散修正泛函-D3(BJ)。元素较轻，因此DZP基组即可：
体系分成吸附水分子、聚合物2个区，分区方法参考如何创建分区，如下图：
K点必须设定为Gamma Only
打开NOCV开关：
勾选该选项：
设置完成后，File > Save As，保存任务。
提交任务
提交任务的方式，参考正式版的安装、维护与升级。如果提交到Linux系统，参考：Linux系统中，片段分析如何使用run文件提交任务
查看NOCV轨道
因为NOCV本身是为了进一步分析EDA的结果，希望看到EDA中轨道相互作用（也就是共价作用）主要由哪些轨道贡献出来，因此我们首先看看有多少贡献比较大的NOCV。
SCM - Output - Properties - PEDA Energy Terms：
P E D A N O C V E n e r g y T e r m s
-------------------------------------------------------------------
Energies in kJ/mol
===K-Point 1 Spin 1
NOCV eigenvalue E_tot T V
-------------------------------------------------------------------
1 | -0.1419 +0.1419 -16.5 -159.6 +143.1
2 | -0.0590 +0.0590 -2.9 -96.1 +93.2
3 | -0.0472 +0.0472 -2.7 -31.7 +29.0
4 | -0.0284 +0.0284 -0.8 +7.2 -8.0
5 | -0.0249 +0.0249 -0.6 -39.8 +39.2
6 | -0.0218 +0.0218 -0.7 -57.5 +56.8
7 | -0.0176 +0.0176 -0.3 +23.4 -23.8
8 | -0.0144 +0.0144 -0.4 -35.4 +35.0
9 | -0.0126 +0.0126 -0.2 +20.8 -21.0
10 | -0.0110 +0.0110 -0.2 +1.9 -2.1
11 | -0.0089 +0.0089 -0.1 -1.1 +1.0
12 | -0.0082 +0.0082 -0.1 +15.3 -15.4
13 | -0.0071 +0.0071 -0.1 +21.7 -21.8
14 | -0.0062 +0.0062 -0.1 +10.7 -10.7
15 | -0.0057 +0.0057 0.0 +8.9 -8.9
16 | -0.0055 +0.0055 0.0 +11.6 -11.7
17 | -0.0046 +0.0046 0.0 -4.1 +4.1
18 | -0.0044 +0.0044 0.0 +9.6 -9.6
19 | -0.0038 +0.0038 0.0 +4.3 -4.3
20 | -0.0033 +0.0033 0.0 +3.9 -3.9
21 | -0.0027 +0.0027 0.0 +4.9 -4.9
22 | -0.0026 +0.0026 0.0 +1.7 -1.7
23 | -0.0025 +0.0025 0.0 0.0 +0.0
24 | -0.0021 +0.0021 0.0 +5.5 -5.5
25 | -0.0018 +0.0018 0.0 +0.7 -0.7
26 | -0.0011 +0.0011 0.0 +0.8 -0.8
E_res= 0.0 kJ/mol
E_tot= -25.9 kJ/mol
可以看到贡献主要是第一组本征值为±0.1419的NOCV贡献出来（注意，本征值必须严格±成对，否则NOCV数据不可用），我们需要记住这个本征值，然后来查看该NOCV的具体情况。 SCM → View → Add → Isosurface: With Phase → Select Field → NOCV Orbitals。
注意： 负本征值NOCV orbital则是成键前的样子，也就是一方碎片贡献占据轨道，另一方贡献空轨道(等值面调整到0.01看的更清楚一些，透明设置参考:如何设置View中各种空间分布图的透明度)：
可以看到，贡献占据轨道的是聚合物分子的O原子的孤对电子（占据轨道），与水分子的空轨道（H原子上）作用。
正本征值的NOCV orbital是成键之后的键轨道：
形成了氢键。
查看该组成键引起的密度变化的贡献
SCM → View → Add → Isosurface: With Phase
电子从红色区域流向蓝色区域。本例中，这是一个典型的氢键电子转移，从聚合物O原子转移电子到H…O之间，H原子本身也失去电子，与H直接连接的O原子也得到了电子。电子转移很微弱，因此等值面调整到0.0003看起来才比较清晰。
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电子的转移
NOCV是成对出现的（alpha、beta），一般研究第i个NOCV带来的电子转移，要把第i个alpha的NOCV的NOCV Def Densities和第i个beta的NOCV的NOCV Def Densities加起来：SCM LOGO > View， Fields > Grid > Fine, Fields > calculate，之后窗口下方
- 第一个是编号，此处为C－1，后面会用到
- 第二个是选择要加的第1个量，选择例如NOCV Def Densities列表中第1个
- 第三个是选择符号，默认为－，这里改为＋
- 第四个是要加的第二个量，选择例如NOCV Def Densities列表中第2个(通常第2n个和第2n＋1个（n>=0）是同一个NOCV的两种自旋)
之后，Add>Isosurface: With Phase，然后在下方Select Field区域选择Other，然后选中列表中的C－1。如此则显示了第1个NOCV的alpha和beta轨道，带来的电子的转移。
根据“NOCV对”（包含alpha和beta）对ΔEorb的贡献大小（例如前面看到，第一个NOCV对ΔEorb的贡献是－388.32211kcal/mol），找到形成该键，主要的是第几个“NOCV对”（包含alpha和beta）的贡献？从而根据该“NOCV对”的Def Densities加和，来判断出形成该键的时候，电子是从什么轨道转移到什么轨道？根据该“NOCV对”的Def Densities加和是sigma型还是Pi型、芳香型，来判断是不是从sigma轨道转移到Pi轨道？等等。
如果将所有“NOCV对”的Def Densities加和，则得到形成该键的总的电荷转移。但一般而言，实际上主要贡献的“NOCV对”只有1～2对。因此一般看前1对，2对的Def Densities加和就能看出规律来了。