费米维基

用户工具

站点工具

您的足迹:
adf:peda-nocv-polymer

差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

到此差别页面的链接

两侧同时换到之前的修订记录前一修订版
后一修订版		前一修订版
adf:peda-nocv-polymer [2019/12/09 19:53] – liu.junadf:peda-nocv-polymer [2022/06/28 15:31] (当前版本) – liu.jun
行 1: 行 1:
-======ETS-NOCV计算：聚合物的片段相互作用、电子转移======+======ETS-NOCV计算：聚合物吸附、成键的化学键分析======
 =====预备知识===== =====预备知识=====
 **由于pEDA分析支持正常k空间布点，而NOCV则只支持Gamma点，因此建议二者分别计算。本文使用AMS2019.301完成。** **由于pEDA分析支持正常k空间布点，而NOCV则只支持Gamma点，因此建议二者分别计算。本文使用AMS2019.301完成。**
  
-NOCV orbital、NOCV density、NOCV Def(ference) density的化学直观含义，参考：[[adf:theoryofets-nocv]]，尤其是[[adf:nocv-disdinguishbonding|ETS-NOCV方法将EDA（能量分解）中Orbital Interactions具体分解到不同轨道上]]+NOCV orbital、NOCV density、NOCV Def(ference) density的化学直观含义，参考：[[adf:theoryofets-nocv]]，尤其是[[adf:nocv-disdinguishbonding2020|ETS-NOCV方法将EDA（能量分解）中Orbital Interactions具体分解到不同轨道上]]
  
 =====模型===== =====模型=====
行 52: 行 52:
  
 设置完成后，File > Save As，保存任务。 设置完成后，File > Save As，保存任务。
 +=====提交任务=====
  
-**3，结果查看：**+提交任务的方式，参考[[adf:maintance|]]。如果提交到Linux系统，参考：[[adf:submitfragment_lsf]]
  
-**1）查看NOCV能量项：**+====查看NOCV轨道====
  
-在ADFinput窗口点击SCM LOGO > Output，点击Properties > PEDA-NOCV Energy Terms+因为NOCV本身是为了进一步分析EDA的结果，希望看到EDA中轨道相互作用（也就是共价作用）主要由哪些轨道贡献出来，因此我们首先看看有多少贡献比较大的NOCV。
  
-各项意义，参考预备知识。+SCM - Output - Properties - PEDA Energy Terms： 
 +<code> 
 +   P E D A N O C V   E n e r g y   T e r m s 
 +  ------------------------------------------------------------------- 
 +  Energies in kJ/mol
  
-**2）查看NOCV轨道：** 
  
-在ADFinput或者Output窗口点击： SCM LOGO > View > Fields → Grid → Fine, Add → Isosurface: With Phase+    ===K-Point  1   Spin 1
  
-{{:adf:polymernocv06.png|}}+  NOCV      eigenvalue         E_tot         T         V 
 +  ------------------------------------------------------------------- 
 +    1  |  -0.1419  +0.1419     -16.5    -159.6    +143.1 
 +    2  |  -0.0590  +0.0590      -2.9     -96.1     +93.2 
 +    3  |  -0.0472  +0.0472      -2.7     -31.7     +29.0 
 +    4  |  -0.0284  +0.0284      -0.8      +7.2      -8.0 
 +    5  |  -0.0249  +0.0249      -0.6     -39.8     +39.2 
 +    6  |  -0.0218  +0.0218      -0.7     -57.5     +56.8 
 +    7  |  -0.0176  +0.0176      -0.3     +23.4     -23.8 
 +    8  |  -0.0144  +0.0144      -0.4     -35.4     +35.0 
 +    9  |  -0.0126  +0.0126      -0.2     +20.8     -21.0 
 +   10  |  -0.0110  +0.0110      -0.2      +1.9      -2.1 
 +   11  |  -0.0089  +0.0089      -0.1      -1.1      +1.0 
 +   12  |  -0.0082  +0.0082      -0.1     +15.3     -15.4 
 +   13  |  -0.0071  +0.0071      -0.1     +21.7     -21.8 
 +   14  |  -0.0062  +0.0062      -0.1     +10.7     -10.7 
 +   15  |  -0.0057  +0.0057       0.0      +8.9      -8.9 
 +   16  |  -0.0055  +0.0055       0.0     +11.6     -11.7 
 +   17  |  -0.0046  +0.0046       0.0      -4.1      +4.1 
 +   18  |  -0.0044  +0.0044       0.0      +9.6      -9.6 
 +   19  |  -0.0038  +0.0038       0.0      +4.3      -4.3 
 +   20  |  -0.0033  +0.0033       0.0      +3.9      -3.9 
 +   21  |  -0.0027  +0.0027       0.0      +4.9      -4.9 
 +   22  |  -0.0026  +0.0026       0.0      +1.7      -1.7 
 +   23  |  -0.0025  +0.0025       0.0       0.0      +0.0 
 +   24  |  -0.0021  +0.0021       0.0      +5.5      -5.5 
 +   25  |  -0.0018  +0.0018       0.0      +0.7      -0.7 
 +   26  |  -0.0011  +0.0011       0.0      +0.8      -0.8 
 +                     E_res=      0.0 kJ/mol 
 +                     E_tot=    -25.9 kJ/mol 
 +</code> 
 +可以看到贡献主要是第一组本征值为±0.1419的NOCV贡献出来（注意，本征值必须严格±成对，否则NOCV数据不可用。有时候没有在Multilevel中，为片段指定正确的Spin Polarization，也会导致本征值不配对），我们需要记住这个本征值，然后来查看该NOCV的具体情况。 
 +SCM → View → Add → Isosurface: With Phase → Select Field → NOCV Orbitals。
  
-{{:adf:polymernocv07.png|}}+注意： 
 +负本征值NOCV orbital则是成键前的样子，也就是一方碎片贡献占据轨道，另一方贡献空轨道(等值面调整到0.01看的更清楚一些，透明设置参考:[[adf:transparrency]])：
  
-**3）查看某NOCV引起的形变密度（电子从红色区域流向蓝色区域）：**+{{ :adf:1d-peda08.png?650 }}
  
-{{:adf:polymernocv08.png|}}+可以看到，贡献占据轨道的是聚合物分子的O原子的孤对电子（占据轨道），与水分子的空轨道（H原子上）作用。
  
-{{:adf:polymernocv09.png|}}+正本征值的NOCV orbital是成键之后的键轨道：
  
-设置NOCV轨道和形变密度透明度、背景色、导出图片，参考[[adf:pEDA-NOCV-surface]] +{{ :adf:1d-peda09.png?650 }}
- +
-注意： +
-  * SCM LOGO > View>Add>Isosurface>NOCV densities，显示NOCV的密度空间分布； +
-  * SCM LOGO > View>Add>Isosurface: With Phase > NOCV Orbitals，显示NOCV轨道波函数的空间分布（包括两个相位都显示）； +
-  * SCM LOGO > View>Add>Isosurface: With Phase > NOCV Def Densities，显示NOCV之间的密度差（例如NOCV_1**2表示第一个NOCV的模方，也就是密度），电子从红色区域流向蓝色区域。 +
-  * 所有的NOCV Def Densities加起来，就是形成吸附的过程中总的电子转移+
  
-=====电子的转移=====+形成了氢键。 
 +====查看该组成键引起的密度变化的贡献====
  
-NOCV是成对出现的（alpha、beta），一般研究第i个NOCV带来的电子转移，要把第i个alpha的NOCV的NOCV Def Densities和第i个beta的NOCV的NOCV Def Densities加起来：SCM LOGO > View， Fields > Grid > Fine, Fields > calculate，之后窗口下方+SCM → View → Add → Isosurface: With Phase
  
 +{{ :adf:1d-peda10.png?650 }}
  
-{{:adf:nocvnnn.png|}}+电子从红色区域流向蓝色区域。本例中，这是一个典型的氢键电子转移，从聚合物O原子转移电子到H...O之间，H原子本身也失去电子，与H直接连接的O原子也得到了电子。电子转移很微弱，因此等值面调整到0.0003看起来才比较清晰。
  
 +====导出图片====
  
-  - 第一个是编号，此处为C－1，后面会用到 +参考：[[adf:picture]]
-  - 第二个是选择要加的第1个量，选择例如NOCV Def Densities列表中第1个 +
-  - 第三个是选择符号，默认为－，这里改为＋ +
-  - 第四个是要加的第二个量，选择例如NOCV Def Densities列表中第2个(通常第2n个和第2n＋1个（n>=0）是同一个NOCV的两种自旋)+
  
-之后，Add>Isosurface: With Phase，然后在下方Select Field区域选择Other，然后选中列表中的C－1。如此则显示了第1个NOCV的alpha和beta轨道，带来的电子的转移。+延伸阅读：[[adf:theoryofets-nocv]]、[[adf:nocv-disdinguishbonding2020]]
  
-根据“NOCV对”（包含alpha和beta）对ΔE<sub>orb</sub>的贡献大小（例如前面看到，第一个NOCV对ΔE<sub>orb</sub>的贡献是－388.32211kcal/mol），找到形成该键，主要的是第几个“NOCV对”（包含alpha和beta）的贡献？从而根据该“NOCV对”的Def Densities加和，来判断出形成该键的时候，电子是从什么轨道转移到什么轨道？根据该“NOCV对”的Def Densities加和是sigma型还是Pi型、芳香型，来判断是不是从sigma轨道转移到Pi轨道？等等。 
  
-如果将所有“NOCV对”的Def Densities加和，则得到形成该键的总的电荷转移。但一般而言，实际上主要贡献的“NOCV对”只有1～2对。因此一般看前1对，2对的Def Densities加和就能看出规律来了。 
adf/peda-nocv-polymer.1575892410.txt.gz · 最后更改: 2019/12/09 19:53 由 liu.jun

页面工具

© 2014-2022 费米科技（京ICP备14023855号）