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adf:nics

如何计算Nucleus Independent Chemical Shifts

参数设置

优化好的结构导入ADFinput,并依次设置参数如下图所示:

nics01.jpg

在希望计算NICS的位置上,添加Ghost原子,也即元素周期表中右下角的Xx原子

nics02.jpg

在Properties—NMR菜单中将Ghost原子Xx选中,点击下图所示的“+”:

nics04.jpg

取消对称性:

nics03.jpg

保存该文件后,运行该文件

参考:提交作业方式、设定作业核数、软件安装与升级[目录]

3,结果查看:

在生成的logfile文件末尾我们可以看到我们需要计算的这个点的化学位移屏蔽量(即Gh(1)):

<Dec06-2019> <23:40:07>  NMR Shielding ADF-GUI atom   P(1):         162.70 ppm
<Dec06-2019> <23:40:07>  >>>> ZSGP
<Dec06-2019> <23:40:07>  >>>> ZSGD
<Dec06-2019> <23:40:08>  NMR Shielding ADF-GUI atom   F(2):         175.97 ppm
<Dec06-2019> <23:40:08>  >>>> ZSGP
<Dec06-2019> <23:40:08>  >>>> ZSGD
<Dec06-2019> <23:40:08>  NMR Shielding ADF-GUI atom   F(3):         175.99 ppm
<Dec06-2019> <23:40:08>  >>>> ZSGP
<Dec06-2019> <23:40:08>  >>>> ZSGD
<Dec06-2019> <23:40:09>  NMR Shielding ADF-GUI atom   F(4):         175.97 ppm
<Dec06-2019> <23:40:09>  >>>> ZSGP
<Dec06-2019> <23:40:09>  >>>> ZSGD
<Dec06-2019> <23:40:09>  NMR Shielding  Gh(1):           0.84 ppm

注意屏蔽量是一个相对量。需要其他原子的屏蔽量与实验值进行对准后,同等平移矫正,得到该点的屏蔽量。

在out文件的末尾也可以看到类似更详细的内容,包括顺磁、逆磁、总和:

****  G H O S T : Gh(1)
 
                 COORDINATES (ANGSTROMS) 
                 -------------------------------------
                       1.5271     -0.3214     -0.0960
 Internal NMR numbering of atoms: Gh(5)
 
 
===  PARAMAGNETIC ISOTROPIC NMR SHIELDINGS (ppm)
 
                     paramagnetic b^(1) =      0.000
                     paramagnetic u^(1) =    -29.814
                     paramagnetic s^(1) =     20.010
                     paramagnetic gauge =      8.049
          ------------------------------------------
                     total paramagnetic =     -1.756
          ------------------------------------------
 
 
===  DIAMAGNETIC ISOTROPIC NMR SHIELDINGS (ppm)
 
                       diamagnetic core =      0.000
                    diamagnetic valence =      2.596
          ------------------------------------------
                      total diamagnetic =      2.596
          ------------------------------------------
 
 
===  TOTAL ISOTROPIC NMR SHIELDING (ppm)
 
          ------------------------------------------
              total isotropic shielding =      0.840
          ------------------------------------------

NICS

Ghost可以被看作是一个中子,因此该点的NICS的值为该点的屏蔽张量中的各向同性值(也就是logfile中该点的NMR Shielding值)乘以-1。

AMS提供免费试用(一般为一个月),试用申请方式参考:AMS免费试用30天**

adf/nics.txt · 最后更改: 2019/12/06 23:58 由 liu.jun

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