adf:nci

差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

到此差别页面的链接

--- adf:nci [2018/06/26 12:31] – [原理] liu.jun
+++ adf:nci [2020/12/01 17:13] (当前版本) – 移除 liu.jun
@@ 行 1: / 行 1: @@
-======非键作用NCI: Non-Covalent Interactions======
-=====原理=====
-RDG(Reduced Density Gradient):s = 1/2·$(3π^2)^{-1/3}$·|∇ρ|·$ρ^{-4/3}$，版本号大于2017.113，ADF模块计算结果中，在View窗口可以查看RDG空间分布。
-NCI用于识别非共价相互作用，例如范德华相互作用、氢键、空间位阻。NCI出现的区域具有三个特征（即，NCI考虑到了电子密度、RDG、Hessian迭戈本征值这三项）：
-  - 低电子密度；
-  - 低RDG值；
-  - 电子密度Hessian本征值中的第二个值$λ_2$为负值或者非常小的正值。
-具体说明如下：
-对于单个分子，密度较大的区域RDG较小，密度较小的区域RDG较大。对于二聚体，分子间有弱相互作用，在密度较小的区域，出现RDG值突然变得很小的异常位置。这些位置，实际上是由于分子间临界点（CPs，Critical Points）电子密度的湮灭所致（所以NCI一般出现在CP的位置）。这些位置就是NCI的位置。
-$∇^2ρ(r)$的符号，可用于确定作用类型，电子密度的二阶梯度有三个本征值：$λ_1$≤$λ_2$≤$λ_3$。在原子核区域三个本征值都是负值，因为电子密度处于局域极大值点；在共价键区域，有一个正本征值，两个负本征值，也就是：$λ_1$<$λ_2$<0，$λ_3$>0；在位阻、原子间存在拉伸的区域，有$λ_3$>$λ_2$>0。因此$λ_2$的符号可以用来区分“键”（$λ_2$<0）与“非键”（$λ_2$>0）。λ值的计算，参考:[[adf:elfatbcps]]
-作用的强度可以由电子密度本身来表征：NCI区域电子密度越大，表示NCI作用越强。
-=====如何计算得到=====
-在ADF模块的基本单点计算结果中，就可以生成NCI信息。生成方法：ADF LOGO > View > Add > Isosurface: Double(+/-) > Select Field > Properties > NCI SCF
-即可看到：
-{{ :adf:nci1.jpg?500 }}
-如果计算时增加设置：ADFinput > Properties > Other: Etot,Bader,Charge Transsport.. > Bader(AIM) >Critical Points, bond paths and atomic properties，
-则可以在View中点击Properties > AIM(Bader)，看到CP与NCI的关系（NCI设置为透明：窗口底部的ISO surface: Double > Show Details > Opacity设置为20~50之间的数值即可，数值越小越透明）：
-{{ :adf:nci2.jpg?500 }}
-其中红色小球是键临界点的位置，白色小球是原子的位置。可以看到这个二聚体的氢键临界点在NCI区域内

adf/nci.1529987469.txt.gz · 最后更改: 2018/06/26 12:31 由 liu.jun

© 2014-2022 费米科技（京ICP备14023855号）