选中某个或某些原子，将其设为原点（Edit > Set Origin），然后 Edit > Crystal > Map Atoms to (-0.5,,0.5) 这样这个（/些）原子就跑到Cell的中心了。

当然，也可以选定另外一些特定的某个/某些原子设置为原点，然后 Edit > Crystal > Map Atoms to (-0.0,,1)，来调整Cell的边界。因为Movie里面原子分数坐标使用的是[0..1]，ADFinput里面默认用的是[-0.5..0.5]，所以只需要在建模的时候，编辑完模型后，确保在Edit - Crystal - Map Atoms to [0..1]后是自己想要的模型，这样的坐标系是最好的，因为与Movie里面显示的坐标系是一致的。