adf:moleculargun1
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:moleculargun1 [2019/12/10 14:34] – [添加入射水分子] liu.jun | adf:moleculargun1 [2019/12/18 22:57] (当前版本) – [添加入射水分子] liu.jun | ||
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| 本文说明，如何使用ReaxFF的Molecular Gun功能模拟在二维表面，原子、分子以一定频率、速度（即温度）从外界入射到二维表面，在表面沉积、反应或凝聚的过程。此处以水分子在石墨烯表面的行为为例进行说明。 | 本文说明，如何使用ReaxFF的Molecular Gun功能模拟在二维表面，原子、分子以一定频率、速度（即温度）从外界入射到二维表面，在表面沉积、反应或凝聚的过程。此处以水分子在石墨烯表面的行为为例进行说明。 | ||
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| - | ADF2016.208及其以后的版本，包含该功能（注：该功能ADF2017正式发布，目前只是最新的开发测试版包括这个功能）。下载链接（编号大于r57000即可。试用或者能免费升级到2017的用户，需要邮件告知我们，才能取得2017license，因为2017版尚未正式发布，预计4月发布）：https:// | ||
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| =====石墨烯建模 ===== | =====石墨烯建模 ===== | ||
| 二维表面的建模，参考费米维基：[[adf: | 二维表面的建模，参考费米维基：[[adf: | ||
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| =====添加入射水分子===== | =====添加入射水分子===== | ||
| - | View - Periodic - Show Unit Cell显示盒子。在适当的位置添加一个水分子（基本的分子建模，参考费米维基：[[https://www.jianguoyun.com/ | + | View - Periodic - Show Unit Cell显示盒子。在适当的位置添加一个水分子。基本的分子建模，参考{{ :adf:creatmolecule.rar |AMS的基本建模功能（视频） |
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| 行 45: | 行 41: | ||
| * Add at：表示入射的位置，选择z表示入射的高度固定为当前高度，在xy平面随机分布。其他选项参考说明（鼠标悬停，就会显示该参数的说明） | * Add at：表示入射的位置，选择z表示入射的高度固定为当前高度，在xy平面随机分布。其他选项参考说明（鼠标悬停，就会显示该参数的说明） | ||
| * Temperature：表示入射分子的速度，折算成温度为300K，温度越高，速率越大 | * Temperature：表示入射分子的速度，折算成温度为300K，温度越高，速率越大 | ||
| + | * Ajust direction: | ||
| * Start at integration：从第多少step开始入射 | * Start at integration：从第多少step开始入射 | ||
| * Frequency：每隔多少step入射一次Region_1。注意：这个频率不能太高，例如不能是1000，否则会出现一个分子还没有离开，旁边又出现一个分子，两个分子之间距离过近（比如小于1埃），就会出现巨大的彼此破坏的力量，形成分子碎片。该参数建议设置为3000以上。 | * Frequency：每隔多少step入射一次Region_1。注意：这个频率不能太高，例如不能是1000，否则会出现一个分子还没有离开，旁边又出现一个分子，两个分子之间距离过近（比如小于1埃），就会出现巨大的彼此破坏的力量，形成分子碎片。该参数建议设置为3000以上。 | ||
| 行 69: | 行 66: | ||
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| - | 形成很大的水簇： | ||
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| 注意：本例中Cell在xy方向尺寸不大，所以继续增大水簇，可能会形成连片的水膜。读者有兴趣，可以增大Steps数继续模拟。本例只进行了40万步，步长为0.25fs。 | 注意：本例中Cell在xy方向尺寸不大，所以继续增大水簇，可能会形成连片的水膜。读者有兴趣，可以增大Steps数继续模拟。本例只进行了40万步，步长为0.25fs。 | ||
adf/moleculargun1.1575959641.txt.gz · 最后更改: 2019/12/10 14:34 由 liu.jun