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adf:moleculargun1

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adf:moleculargun1 [2017/03/13 13:27] – [分子动力学过程] liu.junadf:moleculargun1 [2019/12/18 22:57] (当前版本) – [添加入射水分子] liu.jun
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-======水分子在石墨烯表面形成水簇的模拟（分子入射、沉积）======+======案例：水分子在石墨烯表面形成水簇的模拟（分子入射、沉积）======
  
 本文说明，如何使用ReaxFF的Molecular Gun功能模拟在二维表面，原子、分子以一定频率、速度（即温度）从外界入射到二维表面，在表面沉积、反应或凝聚的过程。此处以水分子在石墨烯表面的行为为例进行说明。 本文说明，如何使用ReaxFF的Molecular Gun功能模拟在二维表面，原子、分子以一定频率、速度（即温度）从外界入射到二维表面，在表面沉积、反应或凝聚的过程。此处以水分子在石墨烯表面的行为为例进行说明。
- 
-ADF2016.208及其以后的版本，包含该功能（注：该功能ADF2017正式发布，目前只是最新的开发测试版包括这个功能）。下载链接（编号大于r57000即可）：https://www.scm.com/support/downloads/bug-fixes/ 
- 
-[[https://www.jianguoyun.com/p/DX0xiMIQmZ2ZBhiHryc|本例演示计算输入输出文件下载]] 
 =====石墨烯建模 ===== =====石墨烯建模 =====
 二维表面的建模，参考费米维基：[[adf:moleculesonsurface]]中“**创建固体表面**”。本文中创建石墨烯的过程如下： 二维表面的建模，参考费米维基：[[adf:moleculesonsurface]]中“**创建固体表面**”。本文中创建石墨烯的过程如下：
  
-在ADFinput，切换到ReaxFF模块，并创建晶体结构，选择石墨烯：+在Input窗口，切换到ReaxFF模块，并创建晶体结构，选择石墨烯：
  
 {{ :adf:moleculargun1_01.png?650 }} {{ :adf:moleculargun1_01.png?650 }}
  
-此处可以对石墨烯的元素、结构参数进行修改，但本例中不做修改，直接点OK：+此处可以对石墨烯的元素、结构参数进行修改：
  
 {{ :adf:moleculargun1_02.png?200 }} {{ :adf:moleculargun1_02.png?200 }}
  
-得到石墨烯的原胞。我们需要做一个大一点的二维表面，因此需要做超胞，但因为我们希望做的是二维体系，因此做超胞的时候，C方向重复单元个数填写为1，A、B方向重复10个单元：+但本例中不做修改，直接点OK。同时弹出提示将要平移晶格，同样点击OK即可。得到石墨烯的原胞。我们需要做一个大一点的二维表面，因此需要做超胞，但因为我们希望做的是二维体系，因此做超胞的时候，C方向重复单元个数填写为1，A、B方向重复10个单元：
  
 {{ :adf:moleculargun1_05.png?650 }} {{ :adf:moleculargun1_05.png?650 }}
行 31: 行 27:
 =====添加入射水分子===== =====添加入射水分子=====
  
-在适当的位置添加一个水分子（基本的分子建模，参考费米维基：[[https://www.jianguoyun.com/p/Dfq5zjUQmZ2ZBhjprSc|建模：ADF模块分子的基本建模功能演示（视频）]]），并通过View > Periodic > Show Unit Cell，显示分子动力学模拟的Cell:+View - Periodic - Show Unit Cell显示盒子。在适当的位置添加一个水分子。基本的分子建模，参考{{ :adf:creatmolecule.rar |AMS的基本建模功能（视频） }}
  
 {{ :adf:moleculargun1_06.png?650 }} {{ :adf:moleculargun1_06.png?650 }}
行 45: 行 41:
   * Add at：表示入射的位置，选择z表示入射的高度固定为当前高度，在xy平面随机分布。其他选项参考说明（鼠标悬停，就会显示该参数的说明）   * Add at：表示入射的位置，选择z表示入射的高度固定为当前高度，在xy平面随机分布。其他选项参考说明（鼠标悬停，就会显示该参数的说明）
   * Temperature：表示入射分子的速度，折算成温度为300K，温度越高，速率越大   * Temperature：表示入射分子的速度，折算成温度为300K，温度越高，速率越大
 +  * Ajust direction:，设置入射方向。选择后，水分子上有红色和黄色小球来代表入射方向，从黄色往红色方向入射。
   * Start at integration：从第多少step开始入射   * Start at integration：从第多少step开始入射
   * Frequency：每隔多少step入射一次Region_1。注意：这个频率不能太高，例如不能是1000，否则会出现一个分子还没有离开，旁边又出现一个分子，两个分子之间距离过近（比如小于1埃），就会出现巨大的彼此破坏的力量，形成分子碎片。该参数建议设置为3000以上。   * Frequency：每隔多少step入射一次Region_1。注意：这个频率不能太高，例如不能是1000，否则会出现一个分子还没有离开，旁边又出现一个分子，两个分子之间距离过近（比如小于1埃），就会出现巨大的彼此破坏的力量，形成分子碎片。该参数建议设置为3000以上。
行 69: 行 66:
  
 {{ :adf:moleculargun1_11.png?400 }} {{ :adf:moleculargun1_11.png?400 }}
- 
-形成很大的水簇： 
- 
-{{ :adf:moleculargun1_12.png?400 }} 
  
 注意：本例中Cell在xy方向尺寸不大，所以继续增大水簇，可能会形成连片的水膜。读者有兴趣，可以增大Steps数继续模拟。本例只进行了40万步，步长为0.25fs。 注意：本例中Cell在xy方向尺寸不大，所以继续增大水簇，可能会形成连片的水膜。读者有兴趣，可以增大Steps数继续模拟。本例只进行了40万步，步长为0.25fs。
adf/moleculargun1.1489382874.txt.gz · 最后更改: 2017/03/13 13:27 由 liu.jun

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