这种报错的原因有：

1. 主任务原子坐标与片段的*.t21文件中的坐标不匹配所致。
2. 有时候因为删除、添加原子导致原子的顺序变了，从而主任务坐标与片段坐标不匹配。
3. 体系接近对称时，系统自动将其对称化，导致主任务坐标与片段坐标不一致。这个原因的解决办法是：Details → Symmetry → Symmetry tolerance：1e-10