气体、液体,在ReaxFF中,只是在密度上有所差别。而ReaxFF不能考虑重力,因此实际上气-液混合物最后会变成均匀混合物。这里只是讨论创建模型。这里以水、氧气为例说明。
需要特别注意:Cell是具有三维周期边界条件的,所以这种模型实际上是气体-液体-气体-液体……无线循环、无限大的。
AMSinput(模块切换到ReaxFF) - Edit - Builder - 添加水分子,并调整个数、Cell的体积,直到密度符合实际情况,例如:
Generate按钮,生成液体体系。然后通过按住Shift键+鼠标画框的方式,选中要去掉的液体(给气体分子留下空间):
鼠标画框选中的分子,有的只是部分原子被选中,因此不能直接删除,否则就留下了残基,因此按Ctrl m键,令整个分子被选中:
del键删除这些选中的完整的分子。
View - Periodic - Show Unit Cell,显示Cell(这不是必须的操作。)