adf:hybrid2020
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:hybrid2020 [2020/11/28 16:37] – liu.jun | adf:hybrid2020 [2021/06/16 15:28] (当前版本) – [结果查看] liu.jun | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ======Hybrid调用多种计算引擎分区计算====== | + | ======多尺度模拟：结构优化====== |
| - | 本文使用AMS2020.101完成。 | + | 本文使用AMS2020.101完成。支持三维、二维、一维、周期性边界条件，以及非周期性体系。可以灵活组合计算引擎，而成为QMMM、QMQM等各种模型。 |
| + | 本例以QMMM为例进行说明，如果要更换为其他，例如ADF/ | ||
| + | |||
| + | 另外，该功能不限于结构优化，也可以用于分子动力学模拟。 | ||
| =====QMMM参数设置===== | =====QMMM参数设置===== | ||
| 用户首先要为体系分区，便于后面设定为不同分区使用不同计算引擎。我们以一个长链分子为例，其中一段-CH2-CH2-，我们希望用ADF，其余部分使用UFF力场，（其他方法组合也是类似设置）分区设置如下： | 用户首先要为体系分区，便于后面设定为不同分区使用不同计算引擎。我们以一个长链分子为例，其中一段-CH2-CH2-，我们希望用ADF，其余部分使用UFF力场，（其他方法组合也是类似设置）分区设置如下： | ||
| 行 11: | 行 14: | ||
| {{ : | {{ : | ||
| + | * Periodicity，本例中为None，即没有周期性，用户要注意周期性与计算引擎匹配，如果有周期性，则不能使用ADF模块 | ||
| * Method：勾选Energy Terms，表示各个分区之间，能量线性加和，得到总能量（具体体现，可以在后面的Factor设置中看到） | * Method：勾选Energy Terms，表示各个分区之间，能量线性加和，得到总能量（具体体现，可以在后面的Factor设置中看到） | ||
| * 点击＋，将生成如下图所示三个关于分区的设置。之所以有三个设置，其逻辑关系是：“方法一整体All的能量” - “方法一C2H4的能量” + “方法二C2H4的能量”，因此需要有三个关于分区的设置，并将其中一个Factor设置为-1 | * 点击＋，将生成如下图所示三个关于分区的设置。之所以有三个设置，其逻辑关系是：“方法一整体All的能量” - “方法一C2H4的能量” + “方法二C2H4的能量”，因此需要有三个关于分区的设置，并将其中一个Factor设置为-1 | ||
| 行 27: | 行 31: | ||
| - | 设置完毕，保保存并运行任务。 | + | 设置完毕，保存并运行任务。 |
| =====结果查看===== | =====结果查看===== | ||
| 行 36: | 行 40: | ||
| 可以看到QM区域与MM区域仍然是连接在一起的（Capping的作用机制）。 | 可以看到QM区域与MM区域仍然是连接在一起的（Capping的作用机制）。 | ||
| - | AMS提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参考：[[adf: | ||
adf/hybrid2020.1606552649.txt.gz · 最后更改: 2020/11/28 16:37 由 liu.jun