这是本文档旧的修订版!
导入优化好的分子(此处假定分子已经是优化好的结构,如果结构没有优化好,那么可以参考geoopt)
打开ADFjobs窗口,SCM - New Input打开新的Input窗口(Linux系统如果有桌面,那么在命令行输入ADFinput即打开Input窗口),File - Import Coordinates 可以读取xyz、mol等格式的坐标。
补充说明:
提交作业,可以如上图所示,在Input窗口,File - Run提交,也可以在ADFjobs窗口,点击该行(该行变成灰色)选中该任务,然后菜单栏Job - Run提交。ADFjobs窗口,右边的齿轮表示正在运行
如果要杀死任务,可以选中该任务,然后Job - Kill。运行完毕后,右侧的标志从齿轮变成了实心球:
在*.logfile尾部有Bonding Energy信息:
<Dec07-2019> <09:38:10> Bond Energy -1.01810786 a.u. <Dec07-2019> <09:38:10> Bond Energy -27.70412446 eV <Dec07-2019> <09:38:10> Bond Energy -638.87 kcal/mol <Dec07-2019> <09:38:10> >>>> POPUL <Dec07-2019> <09:38:10> NORMAL TERMINATION <Dec07-2019> <09:38:10> END Job HOMOLUMO has finished
Bonding Energy为-1.01810786 a.u. = -27.70412446 eV = -638.87 kcal/mol
Bonding Energy与Total Energy的差别是:一般而言,能使用Total Energy的地方,都可以使用Bonding Energy代替,但反过来不可以。二者含义的差别,参考:Total Bonding Energy与Total Energy的差别与用法
可以在Input窗口,SCM - levels,或者在ADFjobs窗口,选中该任务,SCM - levels,从而打开该任务的结果的能级图:
第二列的能级是分子的能级,第一列,以及后面所有列,都是原子的能级,这个图反应分子轨道与原子轨道的关系。其中红色或者蓝色的线,表示分子轨道与原子轨道的对应关系,线越粗,表示该原子轨道对分子轨道的贡献越大。
鼠标停留在分子轨道的时候,可以定量的显示贡献的百分比。蓝线表示形成杂化形成分子轨道、共价键。
注意,这个能量单位是Hatree,1Hartree=27.2113845eV
查看轨道空间分布:右键点击感兴趣的能级,选取轨道的序号,
弹出View窗口,显示轨道的空间分布:
下拉窗口的下边界,显示出轨道显示的详细设置,选择Show details:
将默认的100改为40,这是关于透明度的设置,100表示不透明,数值越小越透明:
如果要看所有能量的情况,可以打开out文件查看文本内容:ADFjobs窗口选中该任务,或者level、Input、View、窗口均可(各个窗口实际上是自动根据任务而关联起来的),SCM - Output - Properties - Orbital Energies all Irreps,显示所有分子的所有能级:
HOMO : 1 PI.g -0.38340490585301E+00 LUMO : 2 PI.u 0.16788680856711E-01 Orbital Energies, all Irreps ======================================== Irrep no. (spin) Occup E (au) E (eV) --------------------------------------------------------------------------- SIGMA.u 1 2.00 -0.19221456734864E+02 -523.0425 SIGMA.g 1 2.00 -0.19221448557672E+02 -523.0422 SIGMA.g 2 2.00 -0.10379882248430E+02 -282.4510 SIGMA.g 3 2.00 -0.11724261880376E+01 -31.9033 SIGMA.u 2 2.00 -0.11320813233100E+01 -30.8055 SIGMA.g 4 2.00 -0.57527460452052E+00 -15.6540 SIGMA.u 3 2.00 -0.53171931259886E+00 -14.4688 PI.u 1 4.00 -0.52463941496627E+00 -14.2762 PI.g 1 4.00 -0.38340490585301E+00 -10.4330 PI.u 2 0.00 0.16788680856711E-01 0.4568 SIGMA.g 5 0.00 0.54073688941536E-01 1.4714 SIGMA.u 4 0.00 0.14912391239612E+00 4.0579 PI.u 3 0.00 0.14919287448829E+00 4.0597 SIGMA.g 6 0.00 0.34179613930961E+00 9.3007 PI.g 2 0.00 0.45433200122225E+00 12.3630 SIGMA.g 7 0.00 0.46643364198318E+00 12.6923 SIGMA.u 5 0.00 0.48698831822596E+00 13.2516 PI.u 4 0.00 0.66294420044741E+00 18.0396 DELTA.g 1 0.00 0.87338992915388E+00 23.7661 SIGMA.u 6 0.00 0.91361491437553E+00 24.8607 PI.g 3 0.00 0.11056269392172E+01 30.0856 DELTA.u 1 0.00 0.11372440649121E+01 30.9460 SIGMA.u 7 0.00 0.14591842260476E+01 39.7064 SIGMA.g 8 0.00 0.15095371546975E+01 41.0766 PI.u 5 0.00 0.17107528424505E+01 46.5520 DELTA.g 2 0.00 0.17296924532029E+01 47.0673 SIGMA.g 9 0.00 0.21473825496719E+01 58.4333 PI.u 6 0.00 0.23768201813944E+01 64.6766 SIGMA.u 8 0.00 0.23882601442356E+01 64.9879 PI.g 4 0.00 0.27309552208012E+01 74.3131 SIGMA.g 10 0.00 0.29220513715690E+01 79.5131 SIGMA.u 9 0.00 0.35875644510864E+01 97.6226 PI.u 7 0.00 0.45717948049858E+01 124.4049 PI.g 5 0.00 0.46086261211639E+01 125.4071 SIGMA.g 11 0.00 0.50232698743599E+01 136.6901 SIGMA.u 10 0.00 0.70389721015058E+01 191.5402 SIGMA.g 12 0.00 0.87447280839780E+01 237.9562 SIGMA.u 11 0.00 0.15416003867192E+02 419.4908 SIGMA.g 13 0.00 0.15780480289142E+02 429.4087 SIGMA.g 14 0.00 0.54980526766762E+02 1496.0963 SIGMA.u 12 0.00 0.12871833766309E+03 3502.6042 SIGMA.g 15 0.00 0.12996513280560E+03 3536.5312
上述数据显示
HOMO的能量对应的是IP(离子势),LUMO的能量对应的是EA(电子亲和能)
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