adf:highdensity
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| adf:highdensity [2023/03/07 20:28] – [设置方法] liu.jun | adf:highdensity [2024/02/21 17:29] (当前版本) – [【入门基础教程】创建高密度大分子固体、分子动力学压缩与拉伸的设置方法] liu.jun | ||
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| - | ======通过分子动力学压缩创建高密度大分子固体====== | + | ======【入门基础教程】创建高密度大分子固体、分子动力学压缩与拉伸====== |
| **分子比Builder的工作原理，是在用户指定的Cell体积内、指定的分子间距（默认值2.5埃，当然可以略微改小），随机刚性堆叠分子。如果分子形状比较长，体积比较大，或者存在比较大的扭曲，那就很难直接堆叠出用户希望的较大密度，从而堆叠失败、产生报错。** | **分子比Builder的工作原理，是在用户指定的Cell体积内、指定的分子间距（默认值2.5埃，当然可以略微改小），随机刚性堆叠分子。如果分子形状比较长，体积比较大，或者存在比较大的扭曲，那就很难直接堆叠出用户希望的较大密度，从而堆叠失败、产生报错。** | ||
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| 过程如下： | 过程如下： | ||
| =====设置方法===== | =====设置方法===== | ||
| - | 创建正常模型： | + | 创建正常模型（在Edit → Builder窗口 → ➕Molecule → 读入xyz文件并输入分子个数）： |
| {{ : | {{ : | ||
| 这里主要是确定系统包含多少个分子，体积可以比较大，便于分子能够顺利填充进去，后面我们来设置压缩。窗口底部有预期密度，因此用户可以尝试调整Lattice vector看看设置为多少的时候，预期密度是所希望的，然后记住这个数值，例如本例修改为30.0*30*30的时候，预期密度是1.403，我们记住30.0*30*30这个压缩目标，然后把晶格常数改回200。当然这三个数字，不需要一定相等，用户自行设置即可。 | 这里主要是确定系统包含多少个分子，体积可以比较大，便于分子能够顺利填充进去，后面我们来设置压缩。窗口底部有预期密度，因此用户可以尝试调整Lattice vector看看设置为多少的时候，预期密度是所希望的，然后记住这个数值，例如本例修改为30.0*30*30的时候，预期密度是1.403，我们记住30.0*30*30这个压缩目标，然后把晶格常数改回200。当然这三个数字，不需要一定相等，用户自行设置即可。 | ||
adf/highdensity.1678192107.txt.gz · 最后更改: 2023/03/07 20:28 由 liu.jun