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--- adf:highdensity [2022/06/03 11:59] – [设置方法] liu.jun
+++ adf:highdensity [2024/02/21 17:29] (当前版本) – [【入门基础教程】创建高密度大分子固体、分子动力学压缩与拉伸的设置方法] liu.jun
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-======创建高密度大分子固体======
+======【入门基础教程】创建高密度大分子固体、分子动力学压缩与拉伸======
-分子比较大，通过Builder并不能直接生成固体，因为builder无法实现分子的交缠，解决方法：先创建低密度体系，然后使用Model → MD Deformation功能压缩。如下：
+**分子比Builder的工作原理，是在用户指定的Cell体积内、指定的分子间距（默认值2.5埃，当然可以略微改小），随机刚性堆叠分子。如果分子形状比较长，体积比较大，或者存在比较大的扭曲，那就很难直接堆叠出用户希望的较大密度，从而堆叠失败、产生报错。**
+解决方法：先创建低密度体系，然后使用Model → MD Deformation功能，在NVT系综下压缩，达到指定体积后，弛豫一段时间。
+<color lightgrey>为何体积变化反而使用NVT系综呢？NVT实际上是指定V和T，而不是V、T不能变化。在V、T变化的过程中，算法实际上是在构建一系列的NVT系综，这些系综，V、T有所不同而已。</color>
+过程如下：
 =====设置方法=====
-创建正常模型：
+创建正常模型（在Edit → Builder窗口 → ➕Molecule → 读入xyz文件并输入分子个数）：
 {{ :adf:highdensity01.png?650 }}
-这里主要是确定系统包含多少个分子，体积可以比较大，便于分子能够顺利填充进去，后面我们来设置压缩。窗口底部有预期密度，因此用户可以尝试调整Lattice vector看看设置为多少的时候，预期密度是所希望的，然后记住这个数值，例如本例修改为30.0*30*30的时候，预期密度是1.403，我们记住30.0*30*30这个压缩目标，然后把晶格常数改回200。
+这里主要是确定系统包含多少个分子，体积可以比较大，便于分子能够顺利填充进去，后面我们来设置压缩。窗口底部有预期密度，因此用户可以尝试调整Lattice vector看看设置为多少的时候，预期密度是所希望的，然后记住这个数值，例如本例修改为30.0*30*30的时候，预期密度是1.403，我们记住30.0*30*30这个压缩目标，然后把晶格常数改回200。当然这三个数字，不需要一定相等，用户自行设置即可。
 设置正常的NVP系综MD参数：
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 设置压缩：
 {{ :adf:highdensity05.png?650 }}
-这里压缩设置为1万步完成。步数多少，取决于结果：压缩速度不能太快，否则容易导致分子碎裂。目标晶格常数为30.0*30*30。这样的设置，程序将匀速进行压缩。
+压缩耗时1万步（压缩速度不能太快，否则容易导致分子碎裂），目标晶格常数为30.0*30*30。程序将在1万步的跨度中，匀速压缩到30Å*30Å*30Å。
+当然用户如果有拉伸的需求，也可以在此处类似设置拉伸最终尺寸，以及花费Step数量即可。
 提交作业。
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 {{ :adf:highdensity06.png?650 }}
-将最后结构导出即可。
+需要检查，确实没有发生化学反应MD Properties → Molecules:
+{{ :adf:highdensity07.png?650 }}
+将最后一帧结构导出即可。

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