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adf:glasstmp

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adf:glasstmp [2021/11/09 11:40] – [二、模拟退火] liu.junadf:glasstmp [2023/04/23 17:00] (当前版本) – [三、提取密度-温度性质] liu.jun
行 9: 行 9:
   - 提取密度-温度性质   - 提取密度-温度性质
   - 计算玻璃化转变温度   - 计算玻璃化转变温度
-本计算对硬件要求较高,建议在集群或工作站上运行。+本计算对硬件要求较高,建议在集群或工作站上运行,软件版本要求AMS2021
 =====一、导入聚合物结构===== =====一、导入聚合物结构=====
 这里我们使用[[adf:cross-linkingratio|bond boost法]]生成的[[adf:coordinatsfrombondboost|交联环氧聚合物]],当然如果有其他结构的*.xyz文件,也可以直接通过AMSinput → File → Import Coordinates导入。 这里我们使用[[adf:cross-linkingratio|bond boost法]]生成的[[adf:coordinatsfrombondboost|交联环氧聚合物]],当然如果有其他结构的*.xyz文件,也可以直接通过AMSinput → File → Import Coordinates导入。
行 49: 行 49:
  
 =====三、提取密度-温度性质===== =====三、提取密度-温度性质=====
-为了从轨迹中提取密度和温度进行后处理,我们使用{{:adf:densities.rar|Python脚本densities.py}}。将其与*.ams输入文件放在同一文件夹中。+为了从轨迹中提取密度和温度进行后处理,我们使用Python脚本{{:adf:densities.rar|densities.py}}。将其与*.ams输入文件放在同一文件夹中。
  
 作业运行完毕后,运行该Python脚本提取密度-温度数据: 作业运行完毕后,运行该Python脚本提取密度-温度数据:
行 63: 行 63:
   - 直接输入plams densities.py -v resultsdir=*.results,*号替换为作业名字   - 直接输入plams densities.py -v resultsdir=*.results,*号替换为作业名字
  
-脚本运行后,会在该窗口生成温度-密度数+脚本运行后,会在该窗口生成五列数据,分别是:温度密度、晶格常a、b、c
 =====四、计算玻璃化转变温度===== =====四、计算玻璃化转变温度=====
 将该温度、密度数据使用作图软件,例如Excel、Origin做出(如下左图所示): 将该温度、密度数据使用作图软件,例如Excel、Origin做出(如下左图所示):
adf/glasstmp.1636429252.txt.gz · 最后更改: 2021/11/09 11:40 由 liu.jun

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