adf:glasstmp
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:glasstmp [2021/11/09 11:05] – liu.jun | adf:glasstmp [2023/04/23 17:00] (当前版本) – [三、提取密度-温度性质] liu.jun | ||
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| 行 9: | 行 9: | ||
| - 提取密度-温度性质 | - 提取密度-温度性质 | ||
| - 计算玻璃化转变温度 | - 计算玻璃化转变温度 | ||
| - | 本计算对硬件要求较高，建议在集群或工作站上运行。 | + | 本计算对硬件要求较高，建议在集群或工作站上运行，软件版本要求AMS2021。 |
| =====一、导入聚合物结构===== | =====一、导入聚合物结构===== | ||
| 这里我们使用[[adf: | 这里我们使用[[adf: | ||
| 行 46: | 行 46: | ||
| {{ : | {{ : | ||
| - | 保存并运行作业，建议使用8~16核。 | + | 保存作业并运行，本作业约8000原子，建议使用8~16核计算。 |
| =====三、提取密度-温度性质===== | =====三、提取密度-温度性质===== | ||
| - | 为了从轨迹中提取密度和温度进行后处理，我们使用{{: | + | 为了从轨迹中提取密度和温度进行后处理，我们使用Python脚本{{: |
| 作业运行完毕后，运行该Python脚本提取密度-温度数据： | 作业运行完毕后，运行该Python脚本提取密度-温度数据： | ||
| 行 63: | 行 63: | ||
| - 直接输入plams densities.py -v resultsdir=*.results，*号替换为作业名字 | - 直接输入plams densities.py -v resultsdir=*.results，*号替换为作业名字 | ||
| - | 脚本运行后，会在该窗口生成温度-密度数据。 | + | 脚本运行后，会在该窗口生成五列数据，分别是：温度、密度、晶格常数a、b、c。 |
| =====四、计算玻璃化转变温度===== | =====四、计算玻璃化转变温度===== | ||
| 将该温度、密度数据使用作图软件，例如Excel、Origin做出（如下左图所示）： | 将该温度、密度数据使用作图软件，例如Excel、Origin做出（如下左图所示）： | ||
| 行 75: | 行 75: | ||
| 为了计算Tg，通过下图所示的数据点进行两次线性拟合。这两条线之间的交点标记玻璃化转变温度。 | 为了计算Tg，通过下图所示的数据点进行两次线性拟合。这两条线之间的交点标记玻璃化转变温度。 | ||
| - | {{ : | + | {{ : |
| - | 应选择线性拟合的点子集，以便获得最大值。如果r2值太低，即数据太嘈杂，或曲线不相交，我们建议尝试以下故障排除方法之一： | + | 应选择线性拟合的点子集，以便获得最大值。如果r2值太低(即数据太嘈杂)，或曲线不相交，我们建议尝试以下故障排除方法之一： |
| * 运行另一个模拟退火模拟 | * 运行另一个模拟退火模拟 | ||
| * 扩大温度范围 | * 扩大温度范围 | ||
| * 减少或增加densitions.py脚本中的平均参数 | * 减少或增加densitions.py脚本中的平均参数 | ||
| + | |||
| + | 本文参考英文教程：https:// | ||
adf/glasstmp.1636427121.txt.gz · 最后更改: 2021/11/09 11:05 由 liu.jun