这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版 | |||
adf:geoopt [2019/12/04 22:40] – [查看键长键角、二面角的变化] liu.jun | adf:geoopt [2020/11/12 18:46] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
---|---|---|---|
行 1: | 行 1: | ||
- | ====== 如何优化分子的几何结构 ====== | ||
- | 本教程使用软件版本AMS2019.301。 | ||
- | 此处以氧气分子举例:优化中性< | ||
- | |||
- | =====参数设置===== | ||
- | |||
- | {{ : | ||
- | |||
- | ====注意==== | ||
- | - O2的基态是三重态(两个电子未配对),因此Spin Polarization设为2< | ||
- | - 体系基态处于单重态还是三重态,一般而言是由二者能量决定的,谁的能量低,就是谁; | ||
- | - 结构优化,除了存在范德华力之外,一般对泛函、基组不太敏感,不同的参数优化出来结果几乎差别很小,而这样小的差别往往对其他性质的计算没有影响; | ||
- | - 大体系的优化,为了提高效率,一般并不会一开始就使用精度较高的方法、基组,开始使用低精度的方法、基组,优化结束后,使用收敛的结果,增大基组,使用更高精度的泛函,接着优化,这样能在保证精度的前提下,极大地节省计算时间; | ||
- | - <color green> | ||
- | |||
- | 在ADFinput分别点击file-save,file-run,即运行计算。或者提交到服务器计算,具体参考:[[adf: | ||
- | |||
- | =====结果查看===== | ||
- | ==== 检查优化是否成功?==== | ||
- | 计算结束后,查看结果:SCM - Logfile,尾部: | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | | ||
- | | ||
- | | ||
- | | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | < | ||
- | </ | ||
- | |||
- | 注意: | ||
- | * 优化过程会不断地计算不同的分子结构,直到找到最低能量的结构为止。 | ||
- | * energy change表示优化过程中,能量的变化量 | ||
- | * constrained gradient max表示最大能量梯度 | ||
- | * constrained gradient rms表示能量梯度均值 | ||
- | * cart. step max表示原子的最大位移量 | ||
- | * cart. step rms表示原子平均位移量 | ||
- | * 上述五个标准都达标了后面就会有5个T,F表示未达标,字母前面的数值是判断标准 | ||
- | * 一般而言,第二个标准最重要,也往往是最后一个达标的。默认标准为0.001,已经是一个比较严格的标准了 | ||
- | |||
- | ====查看优化过程结构、能量变化==== | ||
- | SCM - Movie: | ||
- | |||
- | {{adf: | ||
- | |||
- | ====查看键长键角、二面角的变化==== | ||
- | |||
- | Graph - delete graph,删掉之前的能量变化曲线。按住shift键,即可选择多个原子,如图所示,安住shift键,分别选中两个O原子,原子变为高亮,表示被选中。然后Graph - Distance, Angle, Dihedral,即可查看键长的变化曲线,如果选中三个、四个原子,则显示对应的键角、二面角的变化曲线: | ||
- | |||
- | {{adf: | ||
- | |||
- | 右方出现键长变化的图,窗口下方也会出现每一步的具体键长数值。 | ||
- | |||
- | 注意:键角、二面角也是类似,选中对应的原子,然后选择上面的选项即可。 | ||
- | |||
- | 如果要将某一帧(往往需要导出最后一帧)的结构导出,参考: | ||
- | |||
- | * [[adf: | ||
- | |||
- | 到此优化过程完成! | ||
- | |||
- | 一般结构优化完成之后,会进行频率计算,检查是不是存在虚频。如果存在虚频,则表示优化不精确,需要继续优化。但这个问题在ADF一般很少出现。因此,对于非弱键的体系,都可以省去这一步。如果不放心,可以进行频率计算。 | ||
- | |||
- | AMS软件提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参见**:[[adf: |