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adf:geoofqmmm

使用QMMM进行结构优化,如何提取某一帧的结构

使用QMMM进行结构优化,logfile和movie里面,都不会显示MM区域的原子坐标。如果希望导出某一帧,重新优化怎么办呢?

在out文件中,实际上有整个体系(QM分区+MM分区)结构优化每一步的原子坐标,搜索关键词Optimized QMMM geometry即可看到。例如下例中,两个水分子,一个是QM(前三个原子),一个是MM(后三个原子):

 Optimized QMMM geometry
 
 
 
Atomic QMMM coordinates
 
   Id At    UniqID           X (angs)    Y (angs)    Z (angs)
------------------------------------------------------------------------------------------------------
    1 O          1   QM      0.000000    0.000000   -2.273444
    2 H          2   QM      0.814174    0.000000   -2.842878
    3 H          3   QM     -0.814174    0.000000   -2.842878
    4 O          4   MM     -2.160322   -0.035174   -0.165944
    5 H          5   MM     -2.363109    0.825843   -0.512372
    6 H          6   MM     -2.826106   -0.603051   -0.535675
------------------------------------------------------------------------------------------------------
 
 Number of elements of the density matrix on this node (used, total):        52        91
adf/geoofqmmm.txt · 最后更改: 2017/04/26 15:19 由 liu.jun

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