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adf:gcmc

差别

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后一修订版		前一修订版
adf:gcmc [2018/02/08 23:15] – [如何进行巨正则系综蒙特卡洛GCMC模拟] liu.junadf:gcmc [2020/05/18 16:12] (当前版本) – [注意1：] liu.jun
行 1: 行 1:
-======如何进行巨正则系综蒙特卡洛GCMC模拟======+======2016以前的版本如何进行巨正则系综蒙特卡洛GCMC模拟======
 体系与一温度为T的粒子（分子、原子）源接触，体系不仅同粒子源有能量交换，而且可以同粒子源有粒子的交换，最后达到平衡，这种系综称巨正则系综，可以用于模拟块体表面吸附小分子、原子的反应过程。 体系与一温度为T的粒子（分子、原子）源接触，体系不仅同粒子源有能量交换，而且可以同粒子源有粒子的交换，最后达到平衡，这种系综称巨正则系综，可以用于模拟块体表面吸附小分子、原子的反应过程。
-=====新版本ADF===== 
-ADF2017.211之后的版本，将GCMC的功能集成到了图形界面，具体可以参考教程[[adf:voltageprofileofdischarging]]中的第3步“对Alpha硫晶体进行巨正则系综蒙特卡洛模拟” 
  
-=====旧版本ADF=====+
 以铁表面的吸附O<sub>2</sub>、H<sub>2</sub>O为例来说明。 以铁表面的吸附O<sub>2</sub>、H<sub>2</sub>O为例来说明。
  
-<WRAP center round download 30%> +====建模：====
-[[https://www.jianguoyun.com/p/DUpDeS8QmZ2ZBhiR-CQ|计算文件下载（点击）]] +
-</WRAP> +
-=====建模：=====+
  
 在[[http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php|美国矿物学家晶体结构数据库]]可以下载Fe晶体: 在[[http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php|美国矿物学家晶体结构数据库]]可以下载Fe晶体:
行 47: 行 42:
  
 在表面上方一段距离（例如2埃以外）创建O<sub>2</sub>、H<sub>2</sub>O分子各一个，之后保存。 在表面上方一段距离（例如2埃以外）创建O<sub>2</sub>、H<sub>2</sub>O分子各一个，之后保存。
-=====设置GCMC参数=====+====设置GCMC参数====
  
 打开＊.run文件，做如下修改： 打开＊.run文件，做如下修改：
行 108: 行 103:
       1   nmols  !Number of MC molecule types, must match the number of molecule blocks that follow!       1   nmols  !Number of MC molecule types, must match the number of molecule blocks that follow!
 ! !
-! Molecule Specific Data: C2H2 example 
-!    This part is fixed format! 
-!    We need cmpot on line 1, 
-!    possibly followed by the noinsr on line two, 
-!    and forced to be ended with nmatom on line 2 or 3, followed by nmatom lines of coordinates. 
-! the coordinates are FIXED FORMAT! (24d.15,1x,A2) x,y,z (24 wide, 15 after decimal), 1 space, 2chars symbol) 
-  
 !Molecule Specific Data: H2O Example !Molecule Specific Data: H2O Example
-   0.00   cmpot   !chemical potential of molecule+ -75.00   cmpot   !chemical potential of molecule
       1   noinsr  !setting this to 1 disables insert/deletion moves. If it is set to 1 for all types, the ensamble becomes NVT/NPT       1   noinsr  !setting this to 1 disables insert/deletion moves. If it is set to 1 for all types, the ensamble becomes NVT/NPT
       3   nmatom  !number of atoms in molecule       3   nmatom  !number of atoms in molecule
-      0.0000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000 C +     -4.9071400000000000       1.804740000000000       4.595350000000000 O 
- eor+     -5.2042200000000000       2.419330000000000       3.920340000000000 H  
 +     -4.0159200000000000       1.511840000000000       4.391540000000000 H 
 + 
 +!Molecule Specific Data: H2 Example 
 + -75.00   cmpot   !chemical potential of molecule 
 +      1   noinsr  
 +      2   nmatom  !number of atoms in molecule 
 +      3.426300000000000       -1.2337700000000000      3.477750000000000 O  
 +      2.147280000000000       -0.7508700000000000      4.070210000000000 O 
 + 
 +eor
 </code> </code>
 上面的脚本中，最后面的12行内容是关于H<sub>2</sub>O、O<sub>2</sub>的坐标。该坐标是从＊.run文件的前面部分“剪切”（也就是*.run脚本中不再有H<sub>2</sub>O、O<sub>2</sub>的坐标）过来的。*.run中坐标的列表类似如下： 上面的脚本中，最后面的12行内容是关于H<sub>2</sub>O、O<sub>2</sub>的坐标。该坐标是从＊.run文件的前面部分“剪切”（也就是*.run脚本中不再有H<sub>2</sub>O、O<sub>2</sub>的坐标）过来的。*.run中坐标的列表类似如下：
行 144: 行 142:
 上面添加的其他控制脚本，最好也都从[[https://www.scm.com/doc/ReaxFF/GCMC.html|https://www.scm.com/doc/ReaxFF/GCMC.html]]直接复制过来（因为WIKI页面语法的缘故，格式有些变形了）。脚本修改好之后，保存。 上面添加的其他控制脚本，最好也都从[[https://www.scm.com/doc/ReaxFF/GCMC.html|https://www.scm.com/doc/ReaxFF/GCMC.html]]直接复制过来（因为WIKI页面语法的缘故，格式有些变形了）。脚本修改好之后，保存。
  
-====注意2：化学势的计算====+===注意2：化学势的计算===
 关于‘cmpot   !chemical potential of molecule’这一项，上面的例子中，化学势都设置为-75kcal/mol。化学势计算公式： 关于‘cmpot   !chemical potential of molecule’这一项，上面的例子中，化学势都设置为-75kcal/mol。化学势计算公式：
-[μ(T,P)+]+k<sub>b</sub>*ln(P/P')-E<sub>d</sub>]/2+[μ(T,P)+k<sub>b</sub>T*ln(P/P')-E<sub>d</sub>]/2
  
-  * μ(T,P)可以通过计算该分子的气相Gibbs自由能得到，参考[[adf:gibbsofgas]]。计算的时候，所取温度、压强与系综温度、压强一致即可。 +  * μ(T,P)是在温度、压强下，实验测得的化学势 
-  * k<sub>b</sub>为波尔兹曼常熟。 +  * k<sub>b</sub>为波尔兹曼常数，T为温度 
-  * P'是小分子的分压强。如果只有一种气体，那么k<sub>b</sub>*ln(P/P')＝k<sub>b</sub>*ln1＝0 +  * P'是小分子的分压强。如果只有一种气体，那么k<sub>b</sub>T*ln(P/P')＝k<sub>b</sub>T*ln1＝0 
-  * E<sub>d</sub>是分子的解离能，也就是ADF计算得到的分子的Bonding Energy。 +  * E<sub>d</sub>是分子的解离能 
-=====提交任务=====+====提交任务====
  
 在ADFjobs窗口，选中该任务，之后点击Job > Run提交任务。 在ADFjobs窗口，选中该任务，之后点击Job > Run提交任务。
adf/gcmc.1518102958.txt.gz · 最后更改: 2018/02/08 23:15 由 liu.jun

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