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--- adf:fragmentocc [2017/05/21 09:51] – [为什么要指定？] liu.jun
+++ adf:fragmentocc [2020/11/17 17:46] (当前版本) – 移除 liu.jun
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-======为片段指定轨道占据方式======
-=====片段分析的片段计算、整体计算=====
-对于片段分析计算，例如我们把一个体系拆分成N个片段，那么这个片段分析计算实际上包含N＋1个计算任务，包括：N个片段分别被当成孤立存在的分子，对它们分别进行DFT计算，得到每个片段的分子轨道；然后进行整个体系的计算任务，该计算是将前面片段的分子轨道当作基组，来求解整个体系的分子轨道。
-为了方便下文把问题说清楚，我们把N个片段的DFT计算，都叫做<color blue>"片段计算"</color>，把整个体系的计算叫做<color blue>“整体计算”</color>。
-=====为什么要指定？=====
-片段分析，虽然<color blue>“整体计算”</color>可以使用Unrestricted，也可以使用Restricted，但在进行<color blue>"片段计算"</color>的时候，只能用Restricted方法。关于Restricted的含义，参考：[[adf:unrestrictedrestricted|]]
-对于开壳层的某个片段，默认的计算设置，往往不能得到正确的占据方式，那么我们需要认为指定电子如何占据。对每个具体的<color blue>"片段计算"</color>，如何去指定电子的占据，参考：[[adf:如何为对称性的分子指定电子的占据方式]]
-片段计算完毕之后，整个体系的计算，会使用片段轨道作为基组计算整个体系的分子轨道。我们需要根据<color blue>"片段计算"</color>的到的片段分子轨道的具体的占据方式，在<color blue>“整体计算”</color>的ADFinput中，再声明一次（如果是二重态，ADFinput往往会自动声明，而且往往声明的是正确的）。如果声明的片段的分子轨道占据方式，和实际<color blue>"片段计算"</color>得到的分子轨道占据方式不一致，就会有：[[adf:inconsistentfragmentoccupations]]
-<color grey>注意：是两个自由基之间，还是一个链状分子的两段，或者是将环分为两个部分，对于片段功能来说，没有本质的差别，设置方法是一样的。</color>
-**那么为什么要指定Fragmentoccupations呢？**
-而FRAGOCCUPATIONS的作用是什么呢？它在程序中的具体过程是这样的，我们以 A 4 / / 5的情况来举例：
-片段计算得到的占据方式，有可能是A 4.5 / / 4.5，也可能是A 4 / / 5。 我们去看level图的时候，这两种情况的显示完全是一样的；看out结果，也区分不开。
-不管是A 4.5 / / 4.5，还是A 4 / / 5，如果总体计算，设置了FRAGOCCUPATIONS，那么总体计算的时候，就以片段计算得到的轨道，进行一次自洽迭代，然后重新进行电子排布，排布成FRAGOCCUPATIONS的方式，然后再进行片段分析的计算——这是最常用的一种开壳层片段的处理方式。
-如果总体计算，不设置FRAGOCCUPATIONS，那么实际上相当于设置的是：
-<code bash>
-FRAGOCCUPATIONS
-Region_1
-A 4.5//4.5
-SUBEND
-Region_2
-SUBEND
-END
-</code>
-正确的做法是设置：
-<code bash>
-FRAGOCCUPATIONS
-Region_1
-A 4.0//5.0
-SUBEND
-Region_2
-SUBEND
-END
-</code>
-这里我们只讨论了Region_1，没有讨论Region_2，Region_2是类似的情况。
-=====指定的方法=====
-在<color blue>“整体计算”</color>的ADFinput > Details > User Input输入如下内容：
-<code bash>
-FRAGOCCUPATIONS
-Region_1
-A 1//0
-SUBEND
-Region_2
-A 4//5
-SUBEND
-END
-</code>
-这部分是关于这个的设置，比如上面的设置的含义是：：
-  * FragOCCUPATIONS：表示这里在设置片段轨道的占据方式；
-  * Region_1是指第一个片段（默认名字为Region_1，也就是ADFinput > Model > Region中列出的片段的名字）
-  * A 1／／0是指第一个片段A不可约表示的占据方式为：Spin Up 1个电子，Spin Down 0个电子，A是不可约表示的名字，不可约表示的含义，参考：[[adf:symmetryandrepresentation]]
-  * SUBEND表示第一个片段设置完毕
-  * Region_2是指第二个片段
-  * A 1／／0是指第一个片段A不可约表示的占据方式为：Spin Up 4个电子，Spin Down 5个电子
-  * SUBEND表示第二个片段设置完毕
-  * END：表示FragOCCUPATIONS整个设置完毕
-注意：
-  - 如果片段为闭壳层，或只有一个未成对电子，组成的整个体系为偶数电子的单重态，系统默认生成的，一般就是正确的；
-  - 如果片段为闭壳层，或只有一个未成对电子，组成的整个体系为奇数电子的二重态，系统默认生成的，一般就是正确的；
-  - 如果片段为二、三重态，则需要为片段指定，否则容易出现错误的结果（会造成Total Bonding Energy以及各个子项的系统性误差）。
-  - <color blue>"片段计算"</color>得到的占据方式为0.5 / / 0.5，在FRAGOCCUPATIONS指定成1 / / 0或者0 ／ ／ 1都不会报错。实际上目前大多数开壳层片段分析都是这么做的，这里面实际上就引入了一个误差。

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