adf:fbmc_self_healing_of_graphen

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--- adf:fbmc_self_healing_of_graphen [2018/09/13 13:38] – [文献重现：使用fbMC模拟石墨烯的自愈] liu.jun
+++ adf:fbmc_self_healing_of_graphen [2021/07/26 10:39] (当前版本) – liu.jun
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-====== 文献重现：使用fbMC模拟石墨烯的自愈======
+====== 文献重现：使用fbMC模拟石墨烯缺陷的自愈过程======
+本文使用AMS2017版完成。2021版fbMC功能的使用，参考：[[adf:fbmc2020]]
+在Nano.Lett, 12, 3936-3940 (2012)中，报道了石墨烯的“自愈”特性：
-文献：
 {{ :adf:selfhealing00.png?750 }}
-参考讲义：https://www.scm.com/wp-content/uploads/NSCCS-ReaxFF-Workshop-2016-fbMC.pdf
+本文中，我们尝试使用AMS（原名ADF）中ReaxFF模块中的Force-bias Monte Carlo（简称fbMC）方法，模拟石墨烯的自愈过程。
 =====示范计算=====
+首先，我们人为地制造一个相当大的缺陷（将石墨烯的中的一“块”拖动到附近的表面区域），进行优化之后，得到一个较为稳定的缺陷结构：
-认为制造一个相当大的缺陷，并进行优化之后，得到缺陷结构：
 {{ :adf:selfhealing01.png?300 }}
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 {{ :adf:selfhealing04.png?500 }}
-通过观察Movie我们发现，很快就修复成这样了，但是后面很长一段时间内，就无法进一步完成修复了。因此我们在最后一帧结构基础上，升高温度到1098K，并增大ax atom displacement到0.2，其它条件不变，发现非常迅速地，最后一个缺陷也自动修复了：
+通过观察Movie我们发现，很快就修复成这样了，但是后面很长一段时间内，就无法进一步完成修复了。因此我们在最后一帧结构基础上，升高温度到1098K，并增大Max atom displacement到0.2，其它条件不变，发现非常迅速地，最后一个缺陷也自动修复了：
 {{ :adf:selfhealing05.png?500 }}
+{{ :adf:fbmc.zip |两次模拟计算的输入输出文件下载}}
 =====结论=====
-fbMC能够在微观时间尺度的模拟范围内，得到宏观时间尺度的缓慢化学反应，这是分子动力学无法达到的效果。因此在各种反应速率较低的催化、结焦等反应的模拟中，可以考虑加入fbMC方法。例如Neyts et al., J. Am. Chem. Soc. 133, 17225 (2011)这篇文章中，分别使用fbMC／MD混合模拟，以及纯粹的MD模拟，得到了与此处类似的效果：单纯的MD，很容易形成碳的链条，并且很难改变，而fbMC／MD则能顺利聚集为大量六元环。
+fbMC能够在微观时间尺度的模拟范围内，得到宏观时间尺度的缓慢化学反应，这是分子动力学无法达到的效果。因此在各种反应速率较低的催化、结焦等反应的模拟中，可以考虑加入fbMC方法。例如<color blue>Neyts et al., J. Am. Chem. Soc. 133, 17225 (2011)</color>这篇文章中，分别使用fbMC／MD混合模拟，以及纯粹的MD模拟，得到了与此处类似的效果：单纯的MD，很容易形成碳的链条，并且很难改变，而fbMC／MD则能顺利聚集为大量六元环。
 {{ :adf:sealfhealing06.png?300 }}

adf/fbmc_self_healing_of_graphen.1536817101.txt.gz · 最后更改: 2018/09/13 13:38 由 liu.jun

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