adf:drugspartitioncoeff
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| adf:drugspartitioncoeff [2020/05/29 10:10] – [计算有机体系萃取分配系数Partition Coefficient] liu.jun | adf:drugspartitioncoeff [2023/05/10 18:00] (当前版本) – [计算有机体系萃取分配系数、辛醇-水分配系数] liu.jun | ||
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| - | ======计算有机体系萃取分配系数====== | + | ======计算有机体系萃取分配系数、辛醇-水分配系数、亲脂性====== |
| - | 本教程使用软件版本AMS2019.303，以“药物在正辛醇-水体系分配系数估算方法的研究，《广东药学》1998年第4期第14页”中的部分药物为例进行演示，包括水杨酸、可的松、磺胺噻唑、磺胺脒、桂皮酸、咖啡因、巴比妥七种物质，温度为25°C，在正辛醇-水体系中的分配系数。 | + | 亲脂性是化合物优先在非极性脂介质中分配，而不在水相中分配的一种趋势，它对药物的其他属性具有重要的决定作用。化合物的亲脂性通常用正辛醇-水的分配系数 |
| + | 本教程使用软件版本AMS2019.303，以“药物在正辛醇-水体系分配系数估算方法的研究，《广东药学》1998年第4期第14页”中的部分药物为例进行演示，包括水杨酸、可的松、磺胺噻唑、磺胺脒、桂皮酸、咖啡因、巴比妥七种物质，温度为25°C，在正辛醇-水体系中的分配系数。 | ||
| =====第一步：分别为溶剂、溶液创建*.coskf文件===== | =====第一步：分别为溶剂、溶液创建*.coskf文件===== | ||
| 使用COSMO-RS模块，系统会提示下载一个分子库，这个分子包含大量常用溶剂溶质分子的coskf文件，下载后将存储于adf2019.*/ | 使用COSMO-RS模块，系统会提示下载一个分子库，这个分子包含大量常用溶剂溶质分子的coskf文件，下载后将存储于adf2019.*/ | ||
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| 用户要使用的时候，也可以通过COSMO-RS模块的操作窗口Compounds - Add compounds添加到我们的计算任务中，用于后面的步骤。添加时，可以筛选后缀为*.coskf的文件，将自己需要的分子逐一添加进去，也可以选择后缀为*.compoundlist的文件，将这一类分子全部添加进来，在计算具体性质时，再选择需要的溶剂、溶质即可。 | 用户要使用的时候，也可以通过COSMO-RS模块的操作窗口Compounds - Add compounds添加到我们的计算任务中，用于后面的步骤。添加时，可以筛选后缀为*.coskf的文件，将自己需要的分子逐一添加进去，也可以选择后缀为*.compoundlist的文件，将这一类分子全部添加进来，在计算具体性质时，再选择需要的溶剂、溶质即可。 | ||
| - | 如果库里面没有，用户就需要自行创建*.coskf文件。该文件的创建，应使用AMS中ADF模块，在基组、泛函、相对论方面，才能与COSMO-RS里面的内置参数更加匹配。创建过程参考：[[adf: | + | 如果库里面没有，用户就需要自行创建*.coskf文件。该文件的创建，应使用AMS中ADF模块，在基组、泛函、相对论方面，才能与COSMO-RS里面的内置参数更加匹配。创建过程参考：[[adf: |
| =====第二步：正式计算===== | =====第二步：正式计算===== | ||
adf/drugspartitioncoeff.1590718210.txt.gz · 最后更改: 2020/05/29 10:10 由 liu.jun