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--- adf:drugspartitioncoeff [2020/05/20 20:58] – [第二步：正式计算] liu.jun
+++ adf:drugspartitioncoeff [2023/05/10 18:00] (当前版本) – [计算有机体系萃取分配系数、辛醇-水分配系数] liu.jun
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-======计算有机分子的分配系数Partition Coefficient======
+======计算有机体系萃取分配系数、辛醇-水分配系数、亲脂性======
-本教程使用软件版本AMS2019.303，以“药物在正辛醇-水体系分配系数估算方法的研究，《广东药学》1998年第4期第14页”中的部分药物为例进行演示，包括水杨酸、可的松、磺胺噻唑、磺胺脒、桂皮酸、咖啡因、巴比妥七种物质，温度为25°C，在正辛醇-水体系中的分配系数。
+亲脂性是化合物优先在非极性脂介质中分配，而不在水相中分配的一种趋势，它对药物的其他属性具有重要的决定作用。化合物的亲脂性通常用正辛醇-水的分配系数 Log$_P$ 来估算，对化合物的吸收、分布、代谢、排泄（ADME）、毒性以及药理活性产生重大影响的属性，还和溶解度、渗透性、代谢、毒性、蛋白结合和分布相关。
+本教程使用软件版本AMS2019.303，以“药物在正辛醇-水体系分配系数估算方法的研究，《广东药学》1998年第4期第14页”中的部分药物为例进行演示，包括水杨酸、可的松、磺胺噻唑、磺胺脒、桂皮酸、咖啡因、巴比妥七种物质，温度为25°C，在正辛醇-水体系中的分配系数。
 =====第一步：分别为溶剂、溶液创建*.coskf文件=====
 使用COSMO-RS模块，系统会提示下载一个分子库，这个分子包含大量常用溶剂溶质分子的coskf文件，下载后将存储于adf2019.*/atomicdata/ADFCRS-2018文件夹中：
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 用户要使用的时候，也可以通过COSMO-RS模块的操作窗口Compounds - Add compounds添加到我们的计算任务中，用于后面的步骤。添加时，可以筛选后缀为*.coskf的文件，将自己需要的分子逐一添加进去，也可以选择后缀为*.compoundlist的文件，将这一类分子全部添加进来，在计算具体性质时，再选择需要的溶剂、溶质即可。
-如果库里面没有，用户就需要自行创建*.coskf文件。该文件的创建，应使用AMS中ADF模块，在基组、泛函、相对论方面，才能与COSMO-RS里面的内置参数更加匹配。创建过程参考：[[adf:coskf]]（该教程是以制作H<sub>3</sub>O<sup>+</sup>的coskf文件为例），有机分子尤其需要注意同分异构体的问题，需要详细研究确定正确的构型，然后基于正确的构型，生成*.coskf文件。
+如果库里面没有，用户就需要自行创建*.coskf文件。该文件的创建，应使用AMS中ADF模块，在基组、泛函、相对论方面，才能与COSMO-RS里面的内置参数更加匹配。创建过程参考：[[adf:coskf2020]]（该教程是以制作H<sub>3</sub>O<sup>+</sup>的coskf文件为例），有机分子尤其需要注意同分异构体的问题，需要详细研究确定正确的构型，然后基于正确的构型，生成*.coskf文件。
 =====第二步：正式计算=====
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 菜单栏**Method - 选择COSMO-SAC**，一般而言有机分子的活度系数COSMO-SAC比COSMO-RS结果更好，因此分配系数也选择该方法，**Methods - Parameters保持默认的2013-ADF Xiong即可**。对其他体系，用户可以测试不同的方法、参数，选择更适合的方法和参数。
-菜单栏**Properties - Partition Coefficients (logP)**，溶剂选择默认选项，正好是本例中的正辛醇-水，当然用户也可以根据情况选择其他体系，但注意两相的摩尔比。正辛醇-水体系中，正辛醇中实际上有相当大摩尔浓度的水，而水中正辛醇的摩尔浓度非常低，默认选项中自动设置了两相中，两种组分各自的摩尔比。
+菜单栏**Properties - Partition Coefficients (logP)**，溶剂选择默认选项，正好是本例中的正辛醇-水，正辛醇-水体系中，正辛醇中实际上有相当大摩尔浓度的水，而水中正辛醇的摩尔浓度非常低，默认选项中自动设置了两相中，两种组分各自的摩尔比。当然用户也可以根据情况选择其他体系，但需要注意两相中两种组分的摩尔比。
 溶质栏，点击＋，添加七种药物分子，之后点击窗口上方的Run按钮，经过大约几秒钟，即可得到结果：
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 {{ :adf:partitioncoeff02.png?800 }}
-从结果来看，除水杨酸误差较大外，其他药物的logP值与实验值符合的相当好，下图是文献中的实验值：
+从结果来看，除水杨酸误差略大，其他药物的logP值与实验值符合的相当好，下图是文献中的实验值：
 <WRAP center round box 60%>
 {{ :adf:partitioncoeff03.png?550 }}
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 =====文件下载=====
 {{ :adf:partitioncoeff.rar |七种药物分子的coskf文件制作任务输入输出下载（点击）}}
+更多计算化学中文教程，请搜索“AMS知识库”。

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