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adf:diffussion_reaxff [2017/12/22 16:46] – liu.jun | adf:diffussion_reaxff [2019/12/18 22:21] (当前版本) – [英文教程下载] liu.jun | ||
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- | ======使用ReaxFF计算原子扩散系数===== | + | ======案例:使用ReaxFF计算锂硫电池中的锂离子扩散系数===== |
- | 最新的ADF2017在ReaxFF中增加了“通过轨迹直接计算”,以及“通过高温外推”两种方法,计算(致密)材料中离子扩散系数。 | + | AMS2017以后的版本在ReaxFF中增加了“通过轨迹直接计算”、“通过高温外推”两种方法,计算(致密)材料中离子扩散系数。 |
- | 体系范例、流程参考文献:[[https:// | + | 参考文献:[[https:// |
本教程以Li< | 本教程以Li< | ||
- | 技能要求: | + | =====技能要求===== |
- | - 熟悉ReaxFF的基本操作(参考费米维基ADF知识库) | + | - 熟悉ReaxFF的基本操作(参考[[http:// |
- | - 一点点命令行操作常识(需要在命令行执行2个命令处理结果,从而得到扩散系数) | + | - 一点点命令行操作常识(需要在命令行执行2个命令处理结果,从而得到扩散系数。其中Windows系统参考:[[adf: |
- 将文本数据导入Excel表格(参考:[[adf: | - 将文本数据导入Excel表格(参考:[[adf: | ||
- | 教程下载:[[https://www.jianguoyun.com/ | + | =====英文教程下载===== |
+ | {{ :adf: | ||
- | 教程说明: | + | =====教程说明===== |
+ | * 该教程是基于AMS2017。新版菜单略有差异。 | ||
* 第一节:从网上下载cif文件,导入ADFinput中,并Edit → Crystal → Map atoms to (0..1)适调晶格坐标,并使用NPT系综,进行低温“弛豫”的方法,优化结构 | * 第一节:从网上下载cif文件,导入ADFinput中,并Edit → Crystal → Map atoms to (0..1)适调晶格坐标,并使用NPT系综,进行低温“弛豫”的方法,优化结构 | ||
- | * 第二节:生成两种不同比重的Li< | + | * 第二节:生成两种不同x值的Li< |
* 第三节:通过NVT系综进行退火:升温、迅速降温;之后用NPT系综使体系达到平衡(因为退火时,结构可能发生收缩,但由于NVT系综的晶格常数是不变的,因此这样的结构并不稳定,需要用NPT系综使其达到稳态)。教程中温度上升、下降是退火过程的结果;密度增大,是NPT模拟过程的结果 | * 第三节:通过NVT系综进行退火:升温、迅速降温;之后用NPT系综使体系达到平衡(因为退火时,结构可能发生收缩,但由于NVT系综的晶格常数是不变的,因此这样的结构并不稳定,需要用NPT系综使其达到稳态)。教程中温度上升、下降是退火过程的结果;密度增大,是NPT模拟过程的结果 | ||
- | * 第四节:这里开始,正式计算扩散系数:基于前面得到的结果,再次进行NVT计算:1600K、110000 steps、10000 non-reactive steps。注意需要加一个关键词:1 itrout,也就是itrout这个变量赋值为1。MD完成之后,进入命令行,分别执行两个命令,从而最终在生成的*.log文件中得到扩散系数,之后可以外推常温下的扩散系数。 | + | * 第四节:这里开始,正式计算扩散系数:基于前面得到的结果,再次进行NVT计算:1600K、110000 steps、10000 non-reactive steps。注意需要加一个关键词:1 itrout,也就是itrout这个变量赋值为1。MD完成之后,进入命令行,分别执行两个命令,从而最终在生成的*.log文件中得到扩散系数 |
+ | * 第五节:外推常温下的扩散系数 | ||