此处以简单案例进行说明：

说明：

• 这里的体系是没有周期性边界的，周围是无限大真空
• 任务类型Task选择为Molecular Dynamics，点击后面的>符号，可以对Molecular Dynamics的详细参数进行设置，其他>类似
• 泛函选择计算量较小、精度较高的泛函，因此可以选择GGA，这里选择了GGA：BP86，因为BP86是所有GGA中更容易收敛的泛函
• 基组不需要选择大基组，一般选择DZP基组就可以了
• 其他参数默认即可

说明：

• Number of Steps，设定分子动力学的步数，乘以步长time step，得到总的模拟时长
• Sample Frequency，设定轨迹文件的采样频率，这里设置为10，表示每10步，记录一次轨迹，这是为了快速看到动画，所以设置的很小，真正的实际模拟，设置为50或100就可以了
• 如果系综是NVT系综，则点击Thermostat后面的>符号，进行详细设置（例如本例中）；如果是NPT系综则点击Barostat后面的>符号，进行详细设置。NPT系综，对DFT-MD一般不太常用，因为原子个数太少，对压强的控制很难实现

只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为5fs，对结果影响不大。

恒温：温度如果只设置了一个，则不需要设置Duration(s)，整个模拟过程都是该温度

变温：如果需要改变温度，则如上图所示设置多个温度即可，配合Duration(s)的设置，可以实现控温。例如图中所示表示：起始温度298K，在随后的5000步中逐渐升温到348K，然后第5001步从348K经历25000步，回到298K，此时总共已经经历了5000+25000=30000步，然后直到结束都是298K。

包含保温过程：总之，Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如果有保温过程，可以设置如下：温度设置为298 4000 4000 298，Durations设置为5000 30000 5000，表示298~4000升温过程经历5000步，4000K保温30000步，然后4000~298降温过程经历5000步，最后保持在298K直到结束。

设置与NVT类似。

SCM - Movie - MD properties - Molecules，勾选某种分子，就可以显示该分子的数量变化曲线

Movie - MD properties - Reaction Event Detection，可以分析单步反应（基元反应）：

• Start at Timestep，从多少步开始分析
• Process steps，分析接下来的多少步
• Recrossing Filter，该数值设置为保存轨迹频率的10倍，例如这里设置为100

之后点击Process，处理完毕之后，点击Browse即可在网页中看到分析信息：

• 首页是排名前五的“反应物”、产物，以及发生次数最多的前五个反应
• 分子结构都可以点击而得到该分子的“来源”（参与过的基元反应的反应物有哪些）与“去向”（参与过的基元反应的产物有哪些）
• 右上角有其他汇总信息，例如所有反应、所以物种、时间线（每种物质首次出现的时间线）等等