adf:dftmd-adf2020
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| adf:dftmd-adf2020 [2020/11/25 11:20] – [无周期性约束的DFT分子动力学模拟：分子数量变化曲线、自动单步反应分析] liu.jun | adf:dftmd-adf2020 [2020/11/25 11:32] (当前版本) – [无周期性约束的DFT分子动力学模拟：分子数量变化曲线、自动单步反应分析] liu.jun | ||
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| 行 16: | 行 16: | ||
| * Sample Frequency，设定轨迹文件的采样频率，这里设置为10，表示每10步，记录一次轨迹，这是为了快速看到动画，所以设置的很小，真正的实际模拟，设置为50或100就可以了 | * Sample Frequency，设定轨迹文件的采样频率，这里设置为10，表示每10步，记录一次轨迹，这是为了快速看到动画，所以设置的很小，真正的实际模拟，设置为50或100就可以了 | ||
| * 如果系综是NVT系综，则点击Thermostat后面的> | * 如果系综是NVT系综，则点击Thermostat后面的> | ||
| + | 点击Thermostat后面的> | ||
| + | NPT系综，一般建议在原子个数非常多，例如几万原子的情况下才使用。否则压强涨落太剧烈，可以达到几千MPa，原子个数越多，涨落越小，这本身也是符合物理事实的。 | ||
| ===NVT系综的设置=== | ===NVT系综的设置=== | ||
| {{ : | {{ : | ||
| 只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为5fs，对结果影响不大。 | 只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为5fs，对结果影响不大。 | ||
| - | 温度如果只设置了一个，则不需要设置Duration(s)，整个模拟过程都是该温度；如果需要改变温度，则如上图所示设置多个温度即可，配合Duration(s)的设置，可以实现控温。例如图中所示表示：起始温度298K，在随后的5000步中逐渐升温到348K，然后第5001步从348K经历25000步，回到298K，此时总共已经经历了5000+25000=30000步，从现在直到结束都是298K。 | + | **恒温：**温度如果只设置了一个，则不需要设置Duration(s)，整个模拟过程都是该温度 |
| - | 总之，Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如果有保温过程，可以设置如下：温度设置为298 4000 4000 298，Durations设置为5000 30000 5000，表示298~4000升温过程经历5000步，4000K保温30000步，然后4000~298降温过程经历5000步，最后保持在298K直到结束。 | + | **包含保温过程：**总之，Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如上图所示的设置，表示：起始温度298K，经历3000步升温到1300K，然后保温3000步，然后经历3000步升温到4300K，然后保温20000步，然后经历3000步降温到298K，298K直到结束。 |
| ===NPT系综的设置=== | ===NPT系综的设置=== | ||
| - | 设置与NVT类似。 | + | 在Thermostat设置的基础上增加Barostat的设置，压强的设置方式类似温度。 |
| =====结果分析===== | =====结果分析===== | ||
adf/dftmd-adf2020.1606274449.txt.gz · 最后更改: 2020/11/25 11:20 由 liu.jun