这是本文档旧的修订版！
使用DFTB-MD模拟银表面甲醇分子吸附的动力学过程
DFTB-MD适用于三维、二维、一维周期性体系，本例是一个二维体系。本例包含32个银原子，一个甲醇分子，使用精确度较高的SCC-DFTB方法,模拟步数为3000步，在双核Mac Book Pro计算耗费时间约为19分钟。
建模
点击ADFinput右上角的🔍符号，输入silver，搜索软件自带的Ag晶体。
点击ADFinput窗口底部的四边形按钮（该按钮用于切割表面），作为演示，我们设置切面米勒指数为111，厚度为2层。切出这个表面之后，体系的周期性变成了二维，原子沿着xy平面无限延伸，z方向上下为半无限大的真空，因此Main面板中Periodicity自动变为Slab（Bulk为三维周期性，Chain为一维周期性）。
我们希望做一个大一些大超胞，例如4*4:点击ADFinput窗口底部大❄️状按钮 → Generate Super Cell → 对角线上两个数字修改为2（BAND也支持非整数超胞，点击Preset即可选择）。这样就得到一个单胞包含32个银原子的二位无限大银薄膜。在表面画一个甲醇分子。
参数设置
如下图：
点击Task：Molecular Dynamics后面的省略号图标，可以对分子动力学进行详细设置，例如：设置模拟3000步，步长为0.25fs，每个30步保存一次原子轨迹，这里我们设置NVT系综，因此可以设定温度，体系的初始温度设为300K：
ADF、BAND、MOPAC模块也可以做这种分子动力学模拟，参数设置类似，不同模块仅仅在这个Main窗口参数设置有差别（具体可以参考各自计算引擎的参数设置方法，一般而言，分子动力学模拟需要的精度远低于平时性质计算所需精度，基组、泛函、数值精度等，不需要设置很高）。ADF、BAND、MOPAC模块的分子动力学，分别使用无边界（外部为无限大真空）DFT、周期性边界条件的DFT、半经验量子化学方法作为计算引擎。
其他关于分子动力学本身的参数则没有什么区别。
如果要实现温度变化，参考controlt。
NVT系综的设置
只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature（与前面的温度一致）、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为10fs，对结果影响不大。
NPT系综的设置
设置与NVT类似。
设置完成后，直接提交任务。
结果查看
SCM LOGO → Movie，点击窗口底部的播放按钮，可以看到原子的运动轨迹：
