这是本文档旧的修订版！
使用DFTB-MD模拟银表面甲醇分子吸附的动力学过程
DFTB-MD适用于三维、二维、一维周期性体系，本例是一个二维体系。本例包含32个银原子，一个甲醇分子，使用精确度较高的SCC-DFTB方法,模拟步数为3000步，在双核Mac Book Pro计算耗费时间约为19分钟。
建模
点击ADFinput右上角的🔍符号，输入silver，搜索软件自带的Ag晶体。
点击ADFinput窗口底部的四边形按钮（该按钮用于切割表面），作为演示，我们设置切面米勒指数为111，厚度为2层。切出这个表面之后，体系的周期性变成了二维，原子沿着xy平面无限延伸，z方向上下为半无限大的真空，因此Main面板中Periodicity自动变为Slab（Bulk为三维周期性，Chain为一维周期性）。
现在这个二维单胞里面，有2个原子。我们希望做一个大一些大超胞，例如4*4:点击ADFinput窗口底部大❄️状按钮 → Generate Super Cell → 对角线上两个数字修改为4（BAND也支持非整数超胞，点击Preset即可选择）。
这样就得到一个单胞包含32个银原子的二位无限大银薄膜。在表面画一个甲醇分子，并将模块从BAND切换到DFTB。
参数设置
如下图：
点击Task：Molecular Dynamics后面的省略号图标，可以对分子动力学进行详细设置，例如：设置模拟3000步，步长为0.25fs，每个30步保存一次原子轨迹，这里我们设置NVT系综，因此可以设定温度，体系的初始温度设为300K：
ADF、BAND、MOPAC模块也可以做这种分子动力学模拟，参数设置类似，不同模块仅仅在这个Main窗口参数设置有差别。其他地方都一样。
然后点击Thermostat后面的省略号图标，可以设置NVT系综的详细参数。如果我们选择NPT系综，则可以点击Barostat后面的省略号，设置压强等信息。这里我们使用NVT系综，可以选择控温算法Berendsen，允许体系随机高温震荡1fs，这里随机震荡主要是增大体系的初始随机性。也可以设置的更长一些，例如10fs。
如果我们希望模拟过程中，温度有所变化，有升温、保温、降温的过程，则可以通过点击上图中的➕来实现：
上图表示，0-1000步时，温度从300K逐渐升温到700K，接下来2000步，保温在700K，再接下来2000步，从700K降温到300K，如果总步数大于上述步数之和，则后面的steps都维持在300K。用户可以根据需要，灵活设定。
本例中，只是使用最简单的恒温300K。
保存并提交任务。
结果查看
SCM LOGO → Movie，点击窗口底部的播放按钮，可以看到原子的运动轨迹：
补充说明：
ADF、BAND、MOPAC模块，均有分子动力学功能，分别使用无边界（外部为无限大真空）DFT、周期性边界条件的DFT、半经验量子化学方法作为计算引擎。分子动力学相关参数设置与上面DFTB类似，设置方式也是一致的。只是不同计算引擎自身，有不同的计算参数（在Main窗口设置，具体可以参考各自计算引擎的参数设置方法，一般而言，分子动力学模拟需要的精度远低于平时性质计算所需精度，基组、泛函、数值精度等，不需要设置很高）