用户工具

站点工具


adf:cosmo2020

差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

到此差别页面的链接

两侧同时换到之前的修订记录前一修订版
后一修订版
前一修订版
adf:cosmo2020 [2020/11/14 19:27] – [注意] liu.junadf:cosmo2020 [2024/02/22 16:01] (当前版本) – [溶剂化能] liu.jun
行 1: 行 1:
-======如何进行COSMO、SCRF溶剂化计算======+======COSMO、SCRF溶剂化计算======
  
 本文使用AMS2020.101进行说明。 本文使用AMS2020.101进行说明。
行 13: 行 13:
 {{ :adf:2020solvation02.png?500 }} {{ :adf:2020solvation02.png?500 }}
  
-=====溶剂化能===== +=====溶剂化自由能===== 
-COSMO的溶剂化能,参考:[[adf:freeenergyofsolvation]]+COSMO的溶剂化能,参考:[[adf:freeenergyofsolvation2020]]
  
 SCRF的溶剂化能,在out文件的尾部,搜“Summary of SCRF Run”可以搜到,溶剂化能的详细信息,例如: SCRF的溶剂化能,在out文件的尾部,搜“Summary of SCRF Run”可以搜到,溶剂化能的详细信息,例如:
行 55: 行 55:
   * EsolPE:1/2(真实电子密度*蛋白质场)在全空间积分   * EsolPE:1/2(真实电子密度*蛋白质场)在全空间积分
   * nuclPE:1/2(有效原子核电荷*蛋白质场),求和   * nuclPE:1/2(有效原子核电荷*蛋白质场),求和
-  * Cost=E$_{strain}$=ETS$_i$ - ETS$_0$ +  * Cost=E<sub>strain</sub>=ETS<sub>i</sub> - ETS<sub>0</sub> 
-  * GainR$_i$ = EsolRE$_i$ + nuclRE$_i$ + correE$_i$ +  * GainR<sub>i</sub> = EsolRE<sub>i</sub> + nuclRE<sub>i</sub> + correE<sub>i</sub> 
-  * GainP$_i$ = EsolPE$_i$ + nuclPE$_i$ +  * GainP<sub>i</sub> = EsolPE<sub>i</sub> + nuclPE<sub>i</sub> 
-  * Gain$_i$ = GainR$_i$ + GainP$_i$ +  * Gain<sub>i</sub> = GainR<sub>i</sub> + GainP<sub>i</sub> 
-  * Net$_i$ = Gain$_i$ + cost$_i$ +  * Net<sub>i</sub> = Gain<sub>i</sub> + cost<sub>i</sub> 
-  * EleDip$_i$:ADF计算得到的偶极矩(单位Debye) +  * EleDip<sub>i</sub>:ADF计算得到的偶极矩(单位Debye) 
-  * Total$_i$ = Net$_i$ + ETS$_i$,即bond energy与净的溶剂化能之和+  * Total<sub>i</sub> = Net<sub>i</sub> + ETS<sub>i</sub>**Bond energy与净的溶剂化能之和** 
 + 
 +另外通过COSMO-RS也能够计算溶剂化能:[[adf:solvationenergy]]
adf/cosmo2020.1605353246.txt.gz · 最后更改: 2020/11/14 19:27 由 liu.jun

© 2014-2022 费米科技(京ICP备14023855号