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adf:clusterfloating

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adf:clusterfloating [2022/10/26 09:59] – [第二步,设置环境变量] liu.junadf:clusterfloating [2023/11/28 23:19] (当前版本) – [节点信息] liu.jun
行 2: 行 2:
 AMS软件本身并不区分正式版、试用版。对于试用版和正式版的区分,是在license文件,以及法律意义的授权协议上面。因此无论是试用版还是正式版,安装过程都是按照如下步骤(以2022.103版为例,其他版本类似)。 AMS软件本身并不区分正式版、试用版。对于试用版和正式版的区分,是在license文件,以及法律意义的授权协议上面。因此无论是试用版还是正式版,安装过程都是按照如下步骤(以2022.103版为例,其他版本类似)。
 =====第一步,解压软件===== =====第一步,解压软件=====
-安装包上传到在目标文件夹,例如(/home/UserID),并中解压AMS安装包:+安装包上传到在目标文件夹,例如(/home/UserID/AMS),并在该目录中解压AMS安装包:
 <code bash> <code bash>
 cd  cd 
 tar zxf ./ams2022.103.pc64_linux.intelmpi.bin.tgz  tar zxf ./ams2022.103.pc64_linux.intelmpi.bin.tgz 
 </code> </code>
-这样会生成文件夹/home/UserID/ams2022.103。**其中UserID指代具体用户名,下同。**+这样会生成文件夹/home/UserID/AMS/ams2022.103。**其中UserID指代具体用户名,下同。**
  
 =====第二步,设置环境变量===== =====第二步,设置环境变量=====
-在解压生成的AMS2022.103目录内,有一个文件,名为amsbashrc.sh,里面包含了AMS所需的环境变量。里面仅有一行,用户需要酌情考虑是否更改:+在解压生成的AMS2022.103目录内,有一个文件,名为amsbashrc.sh,里面包含了AMS所需的环境变量。用户需要酌情考虑是否将临时文件夹从默认的/tmp更改为其他路径,例如作业当前目录,如果需要则在amsbashrc.sh最后添加一行(或在pbs脚本中source语句后,添加一行)
  
 <code bash> <code bash>
-SCM_TMPDIR=/tmp+export SCM_TMPDIR=$PWD
 </code> </code>
  
-  * SCM_TMPDIR所指向的这个目录(这里就是指/tmp)要注意经常清理,避免大量垃圾堆积; +  * SCM_TMPDIR所指向的这个目录要注意经常清理,避免大量垃圾堆积; 
-  * 该目录最好是在高速读写硬盘中,如果用户不清楚,可以使用默认值(/tmp一般就在高速硬盘中);这个目录对AMS用户需要有读写权限,当然一般/tmp对所有用户都有读写权限; +  * 该目录最好是在高速读写硬盘中,如果用户不清楚,可以使用默认值(/tmp一般就在高速硬盘中); 
-  * 如果设置export SCM_TMPDIR=$PWD,那么临时文将产生到提交任务目录,这个目录一般在共享存储区,那么临时文件的读写就会占用额外的带宽; +  * 这个目录对AMS用户需要有读写权限,当然一般/tmp对所有用户都有读写权限; 
-  * 用户可以酌情增加一行环境变量:<color blue>export SCM_WAIT_LICENSE=9999999999</color>。如果用户提交的作业,所需核数大于购买的核数,那么AMS程序就会等待前面任务完成,再自动运行后面等待的任务,但这个等待时间默认只有600秒,之后就会杀死这个等待的任务。为了与PBS、LSF系统更好的配合,可以将这个等待时间提高到很大,这样只要PBS、LSF没有杀死它,它就一直等待,从而更方便。+  * (购买软无限核license用户忽略此条)。购买软核数较少的用户可以酌情增加一行环境变量:<color blue>export SCM_WAIT_LICENSE=9999999999</color>。如果用户提交的作业,所需核数大于购买的核数,那么AMS程序就会等待前面任务完成,再自动运行后面等待的任务,但这个等待时间默认只有600秒,之后就会杀死这个等待的任务。为了与PBS、LSF系统更好的配合,可以将这个等待时间提高到很大,这样只要PBS、LSF没有杀死它,它就一直等待,从而更方便。
  
-====环境变量如何生效?==== 
-因此PBS/LSF提交作业的时候,在脚本中增加一句source /home/UserID/ams2022.103/amsbashrc.sh,具体参考[[adf:pbsorlsf]] 
  
-如果是SLURM系统,用户可以把这句写到~/.bashrc文件中,之后source ~/.bashrc即可。+**如果是ReaxFF用户**,还建议增加行: 
 +<code> 
 +export OMP_NUM_THREADS=1 
 +</code>
 =====第三步,创建浮动目录,获取浮动信息===== =====第三步,创建浮动目录,获取浮动信息=====
 <code bash> <code bash>
-mkdir /home/UserID/AMSFloat  (注意,浮动目录可以在用户可以读写执行的任何位置) +mkdir /home/UserID/AMS/AMSFloat  (注意,浮动目录可以在用户可以读写执行的任何位置) 
-cd /home/UserID/AMSFloat+cd /home/UserID/AMS/AMSFloat
 mkdir FloatADF       (如果没有购买ADF模块,就不需要创建FloatADF) mkdir FloatADF       (如果没有购买ADF模块,就不需要创建FloatADF)
 mkdir FloatBAND      (如果没有购买BAND模块,就不需要创建FloatBAND) mkdir FloatBAND      (如果没有购买BAND模块,就不需要创建FloatBAND)
行 37: 行 38:
 ls -lid $PWD/Float* ls -lid $PWD/Float*
 </code> </code>
-将产生的一行或几行信息的文本收集起来。注意,Float*目录创建之后,不能改动,删除之后原位置重建也不可以。<color blue>因此,Float*目录没有放在/home/UserID/ams2022.103下面,这样以后安装新版本时,就不需要再提供机器码,新license可以直接使用</color>+将产生的一行或几行信息的文本收集起来。注意,Float*目录创建之后,**不能改动,删除之后原位置重建也不可以**。<color blue>因此,Float*目录没有放在/home/UserID/AMS/ams2022.103下面,这样以后安装新版本时,就不需要再提供机器码,新license可以直接使用</color>
  
 =====第四步,获取机器码,用于申请license===== =====第四步,获取机器码,用于申请license=====
 ====节点信息==== ====节点信息====
-节点(提交作业时所在的节点),以及几个代表性计算节点<color grey>(代表性节点指节点名字是一系列的,比如一个集群有100个计算节点,分三类命名,其中20个节点叫做node*,30个节点叫做cn*,50个节点叫做compute*,那么需要取的机器码就是主节点,以及三类计算节点分别任取两台)</color>运行:+**登录节点**(提交作业时所在的节点),以及几个**代表性计算节点**<color lightgrey>(代表性节点指节点名字是一系列的,比如一个集群有100个计算节点,分三类命名,其中20个节点叫做node*,30个节点叫做cn*,50个节点叫做compute*,那么需要取的机器码就是主节点,以及三类计算节点分别任取两台)</color>运行:
  
 <code bash> <code bash>
-source /home/UserID/ams2022.103/amsbashrc.sh+source /home/UserID/AMS/ams2022.103/amsbashrc.sh
 dirac info dirac info
 </code> </code>
行 58: 行 59:
  
 用户收到license.txt文件之后,将该文件放置在AMS安装文件夹(如ams2022.103)中,之后即可正常使用。安装过程中有任何问题,可以发邮件到ams@fermitech.com.cn,说明尽量全面的报错的信息,我们将提供有效的协助。 用户收到license.txt文件之后,将该文件放置在AMS安装文件夹(如ams2022.103)中,之后即可正常使用。安装过程中有任何问题,可以发邮件到ams@fermitech.com.cn,说明尽量全面的报错的信息,我们将提供有效的协助。
 +=====第七步:如何提交作业=====
 +PBS/LSF提交作业的时候,source /home/UserID/AMS/ams2022.103/amsbashrc.sh将会添加到PBS/LSF脚本中。如果是SLURM系统,用户可以把source /home/UserID/AMS/ams2022.103/amsbashrc.sh写到~/.bashrc文件最后一行,之后source ~/.bashrc即可提交作业。
 +
 +具体参考:[[adf:pbsorlsf]]
adf/clusterfloating.1666749549.txt.gz · 最后更改: 2022/10/26 09:59 由 liu.jun

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