adf:chargepartition

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--- adf:chargepartition [2016/06/27 18:16] – liu.jun
+++ adf:chargepartition [2020/11/16 19:56] (当前版本) – 创建 liu.jun
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-====== 如何人工干预电荷、电子分布 ======
+======使用FDE方法强制体系的某个区域带电======
+该方法，在2020.101版中，存在bug，建议使用2019版，参考：[[adf:chargepartition2019]]
-对于某些特殊问题，我们希望人为地干预电荷分布，例如水分子解离为<chem>H+</chem>和<chem>OH-</chem>。使用DFT方法，自然地拉开H与OH的距离，我们期待解离的H原子上面没有电子，但随着拉伸的距离增大，H原子上，始终会出现电子。对于大的离子体系也是如此，有时候我们希望正负离子带有我们指定的电荷。常规的DFT计算，一般而言并不能达到这样的结果。
-本例较为极端，但实际上对于两个配体互相靠近的情况，都存在本例中的问题，也就是电子分布是不合理的，尤其是HOMO、LUMO轨道的空间分布，往往是不正确的。
-这种情况下，我们可以使用ADF中的FDE方法来实现。此处我们用H-OH来作为示范的例子，其他大的分子体系，计算流程是一样的。
-，对一个<chem>H+</chem>进行一次计算（此处泛函、基组均不起作用，因为没有电子，但其他的大分子的情况，则需要统一指定泛函、基组等），任务名此处定为H+.adf：
-{{ :1.jpg?direct |}}
-**注意，Integration那一项，在新版本（2014版）中，增加了Spline Zlm fit选项。这个选项是新版本的默认方法，但对于本文的FDE功能，则应该取消，即：该选项选 None (use STO fit)。后面的几个ADFinput文件，也应该这样设置。**
-这一步计算得到H+.t21文件，保留此文件，下一步计算会使用；
-，计算质子逐步远离分子，例如该质子离羟基3.96埃的轨道与能量：
-{{ :2.jpg?direct |}}
-将质子和剩余部分分成两个区域（如图所示，表示为红色和绿色）——使用ADF的分区功能：
-{{ :3.jpg?direct |}}
-将质子设置为FDE区域：
-{{ :4.jpg?direct |}}
-同时使用上一步中得到的<chem>H+</chem>的t21文件，并分别在片段设置中设置两个片段的带电情况，并将“使用片段”的选项打钩，表示启用片段功能：
-{{ :5.jpg?direct |}}
-保存，并运行。其中保存的时候，弹出H+片段的结果是否覆盖，选No（实际上选Yes也无妨），运行；
-，结果查看：
-在SCM LOGO > View窗口查看Mulliken电荷（注意此处<chem>H+</chem>上标记的Mulliken电荷为0，真正的电荷要加上FDE区本身的的电荷量+1）：
-{{ :6.jpg?direct |}}
-显示这样的计算结果，所有的电子确实分布在羟基上，质子上没有电子；
-分别显示所有的电子轨道：
-{{ :7.jpg?direct |}}
-分别在orbitals(occupied)选中各个轨道，进而分别显示这些轨道，发现所有的电子轨道都分布在羟基上：
-{{ :8.jpg?direct |}}
-显示总的电子密度空间分布，也可以看见所有电子都分布在<chem>OH-</chem>上面:
-{{ :9.jpg?direct |}}
-到此完成。
-ADF软件提供免费试用（一般为一个月），试用申请方式参见**费米科技维基百科：[[adf:trial|]]**

adf/chargepartition.1467022583.txt.gz · 最后更改: 2016/06/27 18:16 由 liu.jun

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