adf:chargeinaminoacid
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| adf:chargeinaminoacid [2019/12/05 19:49] – liu.jun | adf:chargeinaminoacid [2020/11/18 17:52] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== 如何计算QTAIM电荷、NBO电荷 ====== | ||
| - | 说明：氨基酸在水中通常会形成氢键。因此不能使用通常的溶剂化模型如COSMO、SCRF等等来描述，而应该将溶剂分子直接地与溶质分子同等地考虑在内。但溶剂分子的热运动导致溶剂分子相对于溶质的位置比较难以确定。 | ||
| - | 精确的处理这类问题，需要进行第一性原理分子动力学或者第一性原理的蒙特卡洛模拟，得到溶剂分子相对于溶质分子的位置。这样工作量比较大。 | ||
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| - | 一个比较节省的，可靠性也较高的方式，是将溶剂分子按可能形成氢键的位置预先摆放在溶质分子附近，通过几何结构优化，找到溶剂分子相对于溶质分子的位置。然后基于这样的几何结构计算原子的电荷分配。 | ||
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| - | 我们以甘氨酸举例。使用软件为AMS2019.301。 | ||
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| - | =====第一步，优化分子结构===== | ||
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| - | =====第二步，基于优化之后的结构，计算电荷分布（AIM或NBO）===== | ||
| - | 导入优化之后的分子结构，并设置参数如下： | ||
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| - | 如果要进行NBO分析，则增加如下图所示设置： | ||
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| - | 如果要进行QTAIM分析，则增加如下所示设置： | ||
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| - | 其中设置Normal、Extended、Full计算的内容依次增多、更全面。一般的键径、临界点，Normal即已经包含了。 | ||
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| - | 保存，并运行。 | ||
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| - | =====第三步查看结果===== | ||
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| - | 在任意窗口，点击SCM - View - Properties - Atom info - QTAIM charge - Show | ||
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| - | 即可显示原子的QTAIM电荷。 | ||
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| - | Properties - QTAIM (Topology)即可显示临界点、键径等，此时原子不再显示，View - Molecule - Ball and Stick恢复显示： | ||
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| - | 在Out文件中搜索“N A T U R A L B O N D O R B I T A L A N A L Y S I S”可以找到NBO分析的结果，包括NBO键级、NBO轨道、NBO电荷等信息。 | ||
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| - | AMS软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参考：[[adf: | ||
adf/chargeinaminoacid.1575546567.txt.gz · 最后更改: 2019/12/05 19:49 由 liu.jun