说明：氨基酸在水中通常会形成氢键。因此不能使用通常的溶剂化模型如COSMO、SCRF等等来描述，而应该将溶剂分子直接地与溶质分子同等地考虑在内。但溶剂分子的热运动导致溶剂分子相对于溶质的位置比较难以确定。

精确的处理这类问题，需要进行第一性原理分子动力学或者第一性原理的蒙特卡洛模拟，得到溶剂分子相对于溶质分子的位置。这样工作量比较大。

一个比较节省的，可靠性也较高的方式，是将溶剂分子按可能形成氢键的位置预先摆放在溶质分子附近，通过几何结构优化，找到溶剂分子相对于溶质分子的位置。然后基于这样的几何结构计算原子的电荷分配。

我们以甘氨酸举例。

1，初始猜测氨基酸在水中的分子结构，并优化（注意：泛函此处选择Camy-B3LYP，是由于B3LYP对氢键描述的不好。如有比camy-B3LYP更合适的泛函应参阅相关文献）：

2，基于优化之后的结构，计算电荷分布（AIM或NBO。强烈不推荐Mulliken电荷，定性的可靠度太差），如何导入优化好的结构参考“结构优化”

保存，并运行。

3，查看AIM电荷或NBO电荷

在任意窗口，点击SCM LOGO > View

即可显示原子的Bader电荷。在Out文件中可以找到NBO计算得到的电荷。

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