adf:chargeinaminoacid
差别
这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:chargeinaminoacid [2017/01/10 11:03] – liu.jun | adf:chargeinaminoacid [2020/11/18 17:52] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== 如何计算AIM电荷、NBO电荷 ====== | ||
| - | 说明：氨基酸在水中通常会形成氢键。因此不能使用通常的溶剂化模型如COSMO、SCRF等等来描述，而应该将溶剂分子直接地与溶质分子同等地考虑在内。但溶剂分子的热运动导致溶剂分子相对于溶质的位置比较难以确定。 | ||
| - | 精确的处理这类问题，需要进行第一性原理分子动力学或者第一性原理的蒙特卡洛模拟，得到溶剂分子相对于溶质分子的位置。这样工作量比较大。 | ||
| - | |||
| - | 一个比较节省的，可靠性也较高的方式，是将溶剂分子按可能形成氢键的位置预先摆放在溶质分子附近，通过几何结构优化，找到溶剂分子相对于溶质分子的位置。然后基于这样的几何结构计算原子的电荷分配。 | ||
| - | |||
| - | 我们以甘氨酸举例。 | ||
| - | |||
| - | 1，初始猜测氨基酸在水中的分子结构，并优化（注意：泛函此处选择Camy-B3LYP，是由于B3LYP对氢键描述的不好。如有比camy-B3LYP更合适的泛函应参阅相关文献）： | ||
| - | |||
| - | {{adf: | ||
| - | |||
| - | {{adf: | ||
| - | |||
| - | 2，基于优化之后的结构，计算电荷分布（AIM或NBO。强烈不推荐Mulliken电荷，定性的可靠度太差），如何导入优化好的结构参考“[[adf: | ||
| - | |||
| - | {{adf: | ||
| - | |||
| - | {{adf: | ||
| - | |||
| - | {{adf: | ||
| - | |||
| - | 保存，并运行。 | ||
| - | |||
| - | 3，查看AIM电荷或NBO电荷 | ||
| - | |||
| - | 在任意窗口，点击SCM LOGO > View | ||
| - | |||
| - | {{adf: | ||
| - | |||
| - | 即可显示原子的Bader电荷。 | ||
| - | |||
| - | ADF软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参见**费米科技维基百科：[[adf: | ||
adf/chargeinaminoacid.1484017435.txt.gz · 最后更改: 2017/01/10 11:03 由 liu.jun