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adf:changeofgibbs

这是本文档旧的修订版!


如何计算溶液中氧化还原Gibbs自由能变化

气体分子的Gibbs自由能计算、Thermal-ADF.py的用法,请参考费米科技WIKI:gibbsofgas。本文讲解如何计算溶液中的氧化还原Gibbs自由能变化。依据的参考文献:

DFT as a Powerful Predictive Tool in Photoredox Catalysis: Redox Potentials and Mechanistic Analysis, Organometallics 2015, 34, 4218−4228

文献中(公式1),溶液中氧化还原Gibbs自由能变化分为三个部分的贡献:

第一项:氧化还原自由能变化,也就是离子化势(ionization potential);

第二项:还原产物PC的溶剂化自由能;

第三项:氧化产物PC+的溶剂化自由能。

我们以该文的Supporting Information的Table S1中PC1(+2)为例,说明PC1(+2)的这三个部分数值如何计算。下文中,PC1(2+)是文献中的表示方法,即PC12+,PC1(3+)即PC13+

表S1:


1,首先计算PC1(2+)的气相Gibbs自由能,也即表S1中的Gas-phase,计算方法参考费米科技WIKI:gibbsofgas即可。

下载计算文件(几何结构优化已经完成,本例只包含了频率与热力学性质计算的参数设置、计算结果)

使用Python脚本(下载该脚本)分析298K时的Gibbs自由能:

得到的Gas-phase Gibbs自由能为:-9090.487kcal/mol(因为结构优化精度的差别,与文献中数值略有差别,文献中为-9091.7579kcal/mol

2,计算PC1(2+)在MeCN溶液中的Gibbs自由能:

下载计算文件(包括结构优化、频率计算、热力学性质计算)

类似地分析Gibbs自由能,得到:

文献中的数值为9213.1284kcal/mol

3,依照上述类似的方法,分别计算PC1(2+)去掉一个电子之后,PC1(3+)的气相Gibbs自由能以及在MeCN溶液中的Gibbs自由能(均需另做结构优化)。如表S1中,分别得到-8795.4794kcal/mol-9085.2758kcal/mol

4,计算公式1中第一项,PC1(2+)的△G0(gas,redox),也即表S1中的ΔG(gas)(采用文献中的数值):

ΔG(gas)

=PC1(2+)的气相Gibbs自由能-PC1(3+)的气相Gibbs自由能

=-9091.7579-(-8795.4794)

=-296.3 kcal/mol

5,计算公式1中第二项,PC1(2+)的△G0(solv,PC),也就是表S1中的ΔG(solv.PC):

ΔG(solv.PC)

=在MeCN溶液中的Gibbs自由能-气相的Gibbs自由能(采用文献中的数值)

=-9213.1284-(-9091.7579)

= -121.3705 kcal/mol

6,计算公式1中第三项,PC1(2+)的△G0(solv,PC+),也就是表S1中的ΔG(solv.PC+):

ΔG(solv.PC+)

=在MeCN溶液中的Gibbs自由能-去掉一个电子后在MeCN溶液中的Gibbs自由能

=-9213.1284-(-9085.2758)

=-127.8526 kcal/mol

7,计算PC1(2+)在MeCN溶液中氧化还原Gibbs自由能变化:

△G0(soln,redox)

=ΔG(gas)+ΔG(solv.PC)-ΔG(solv.PC+)

=-296.3+(-121.4)-(-289.8)

=-127.9 kcal/mol

adf/changeofgibbs.1462905469.txt.gz · 最后更改: 2016/05/11 02:37 由 liu.jun

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