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adf:cddofgs

如何计算片段差分密度(即:分子与片段的电子密度之差、碎片形成整体导致的电荷转移方向)

本例以BH3-NH3为例,使用软件版本AMS2019.301:

第一步,优化基态的分子结构(详情请点击);

第二步,导入优化好的分子结构,划分片段,进行计算,如下图所示:

按住Shift键,鼠标画框,选中NH3,然后选择右侧窗口的Model > Region,点击加号,如下图

则成功将NH3设定为Region_1(此处更名为NH3);可以用同样的方式,将BH3设定为Region_2(此处更名为BH3),如下图所示(切记避免个别原子既被归入一个区,又被归入另一个区)

启动片段功能:

主面板参数设置如下图所示(基组、泛函选择参考ADF参数设置详解

保存任务,并运行。

第三步,结果查看:

在ADFinput窗口点击SCM LOGO > View,弹出View窗口。点击Field > Calculated,窗口底部Select Field区域,分别如下图所示,选择Density - Density SCF(当前二聚体电子密度),以及Density - Density Sum Frag(孤立碎片电子密度简单叠加)

此时注意,Density SCF - Density Sum Frag这个函数的名称为C-1(窗口左下角)。因此我们把C-1这个函数显示出来:Add - Isosurface:with phase,之后底部Select Field窗口选择other - “C-1”,同时修改等值面的值,使得图像更方便查看,因此改为0.01。如下图所示:

为了更方便观察电子密度与原子核的位置,我们把C-1函数用半透明的方式显示:点击窗口底部的Isosurface: With Phase按钮 - Show details,然后将下图所示的位置,默认100改为40(值越小透明度越低,100为不透明,0为完全透明)。

图中红色与蓝色,表示电子的流向。其中蓝色区域表示得到了电子,红色区域表示失去了电子。

AMS软件提供免费试用(一般为一个月),试用申请方式参见:AMS免费试用30天**

adf/cddofgs.txt · 最后更改: 2019/12/05 15:28 由 liu.jun

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