这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
adf:bondpath_cps [2018/05/07 09:50] – [晶体中键径、(原子、键、环、笼)临界点与Laplacian电子密度] liu.jun | adf:bondpath_cps [2022/06/05 21:01] (当前版本) – [晶体中键径、(原子、键、环、笼)临界点与Laplacian电子密度] liu.jun | ||
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- | ======晶体中键径、(原子、键、环、笼)临界点与Laplacian电子密度====== | + | ======晶体中键径、(原子、键、环、笼)临界点与Laplacian电子密度,AIM分析====== |
- | 注意:该功能在ADF2016.107及其之后的版本才有。 | + | 本文使用AMS2020.101以上版本完成。 |
=====建模===== | =====建模===== | ||
- | 以$Na_2CO_3$为例进行演示。从American Mineralogist Crystal Structure Database可以免费下载其晶体结构的cif格式文件,通过ADFinput > Import Coordinates导入该晶体即可。 | + | 从American Mineralogist Crystal Structure Database可以免费下载其晶体结构的cif格式文件,通过ADFinput > Import Coordinates导入该晶体即可。 |
=====参数设置===== | =====参数设置===== | ||
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=====结果查看===== | =====结果查看===== | ||
- | 点击SCM Logo > View > Properties > AIM(Bader)。点击窗口左下方AIM > Show details,并改动选项如下: | + | 点击SCM Logo > View > Properties > QTAIM(Topology): |
{{ : | {{ : | ||
其中: | 其中: | ||
- | * Color:Laplacian表示显示键径上的Laplacian电子密度 | + | * 右下角默认显示密度,修改为Laplacian,该设置是显示键径的上该函数的值,以颜色表达大小、正负,用户可以点击底部AIM菜单 - Show Details |
- | * Critical Points和Bond Path的Radius值调整显示CP点的小球的大小和键径的粗细 | + | * 要查看对应的元素(当前原子已经自动隐藏了,View - Molecule - Ball and Stick可以恢复显示),可以按Ctrl和减号(或加号)缩小(或放大)原子 |
- | * 修改Colormap,使得正负值颜色差别较大,便于观察 | + | * 白色小球表示原子临界点,红色小球表示键临界点,绿色小球表示环临界点 |
- | * 勾选Bar显示不同颜色对应的Laplacian电子密度正负值 | + | |
- | * 范围-0.2~0.2是为了区分清楚键径部分区域Laplacian绝对值很小的区域 | + | |
- | * 要查看对应的元素,可以按Ctrl和减号(或加号)缩小(或放大)原子 | + | |
- | * 用不同颜色的小球显示了原子、键、环、笼临界点,颜色如上图中窗口下方所示 | + | |
也可以通过观察键径上的临界点,观察键的类型,具体可以参考[[adf: | 也可以通过观察键径上的临界点,观察键的类型,具体可以参考[[adf: | ||
- | ADF LOGO > Output中,也会显示临界点的信息,例如: | + | SCM > Output中,也会显示临界点的信息,例如第三个CP: |
- | < | + | < |
- | CP # | + | CP # |
- | (RANK, | + | (RANK, |
- | CP COORDINATES: | + | CP COORDINATES: |
EIGENVALUES OF HESSIAN MATRIX: | EIGENVALUES OF HESSIAN MATRIX: | ||
- | | + | -0.1362022E-01 |
EIGENVECTORS (ORTHONORMAL) OF HESSIAN MATRIX (COLUMNS): | EIGENVECTORS (ORTHONORMAL) OF HESSIAN MATRIX (COLUMNS): | ||
- | 0.0000000E+00 | + | 0.0000000E+00 |
- | 0.0000000E+00 | + | 0.0000000E+00 |
- | 0.0000000E+00 0.0000000E+00 | + | 0.1000000E+01 0.0000000E+00 |
HESSIAN MATRIX: | HESSIAN MATRIX: | ||
- | -0.1050923E+06 | + | |
- | -0.1050921E+06 | + | |
- | -0.1050922E+06 | + | -0.1362022E-01 |
VALUES OF SOME FUNCTIONS AT CPs (a.u.): | VALUES OF SOME FUNCTIONS AT CPs (a.u.): | ||
- | Rho = 0.3167994E+00 | + | Rho = 0.2255976E-01 |
- | |GRAD(Rho)| = 0.5954278E+00 | + | |GRAD(Rho)| = 0.4399692E-10 |
- | | + | |
- | | + | |
- | | + | |
- | Laplacian = -0.3152766E+06 | + | Laplacian = 0.1046501E+00 |
- | | + | |
- | Diamond = 0.0000000E+00 | + | Diamond = 0.7179440E-02 |
- | Metallicity = Infinity | + | Metallicity = |
- | Ellipticity = NaN | + | Ellipticity = -0.1230324E+01 |
INHOMOGENEITY PARAMETERS AT CPs (a.u.) | INHOMOGENEITY PARAMETERS AT CPs (a.u.) | ||
- | Delta_u = 0.0000000E+00 | + | Delta_u = 0.4747567E-01 |
- | Delta_s = 0.0000000E+00 | + | Delta_s = 0.1203709E+01 |
- | Delta_t = 0.0000000E+00 | + | Delta_t = 0.9973762E+00 |
- | Inhom_s = Infinity | + | Inhom_s = |
- | | + | |
ENERGY COMPONENTS AT CPs (a.u.) | ENERGY COMPONENTS AT CPs (a.u.) | ||
- | Gb(Abramov) = 0.4227100E+00 | + | Gb(Abramov) = 0.2261329E-01 |
- | Vb(Abramov) = -0.8454201E+00 | + | Vb(Abramov) = -0.1906406E-01 |
- | Hb(Abramov) = -0.4227100E+00 | + | Hb(Abramov) = 0.3549225E-02 |
- | | + | |
- | | + | |
- | | + | |
- | | + | |
- | | + | |
- | Pxc = 0.8011147E+01 | + | Pxc = 0.4870346E+01 |
- | Qxc = 0.1565521E+00 | + | Qxc = -0.7874177E+01 |
</ | </ | ||
其中: | 其中: |