用户工具

站点工具

本页面的其他翻译:
  • zh

adf:bondpath_cps

这是本文档旧的修订版!


晶体中键径、(原子、键、环、笼)临界点与Laplacian电子密度

注意:该功能在ADF2016.107及其之后的版本才有。最新的开发版有,下载地址:https://www.scm.com/support/downloads/bug-fixes/

建模

以$Na_2CO_3$为例进行演示。从American Mineralogist Crystal Structure Database可以免费下载其晶体结构的cif格式文件,通过ADFinput > Import Coordinates导入该晶体即可。

参数设置

保存任务并运行。

结果查看

点击SCM Logo > View > Properties > AIM(Bader)。点击窗口左下方AIM > Show details,并改动选项如下:

其中:

  • Color:Laplacian表示显示键径上的Laplacian电子密度
  • Critical Points和Bond Path的Radius值调整显示CP点的小球的大小和键径的粗细
  • 修改Colormap,使得正负值颜色差别较大,便于观察
  • 勾选Bar显示不同颜色对应的Laplacian电子密度正负值
  • 范围-0.2~0.2是为了区分清楚键径部分区域Laplacian绝对值很小的区域
  • 要查看对应的元素,可以按Ctrl和减号(或加号)缩小(或放大)原子
  • 用不同颜色的小球显示了原子、键、环、笼临界点,颜色如上图中窗口下方所示

也可以通过观察键径上的临界点,观察键的类型,具体可以参考如何通过计算拉普拉斯电子密度区分共价键和离子键,与之类似,周期性体系实际上也可以做Laplacian电子密度的切面图,但大多数情况,看起来非常不方便。因此本例中,只显示了沿键径的Laplacian电子密度。

ADF LOGO > Output中,也会显示临界点的信息,例如:

CP #    4
(RANK,SIGNATURE):     (3,-3)    
 
CP COORDINATES:      0.246605   -1.571786   -0.635887
 
EIGENVALUES OF HESSIAN MATRIX:
 
      0.0000000E+00   0.0000000E+00   0.0000000E+00
 
EIGENVECTORS (ORTHONORMAL) OF HESSIAN MATRIX (COLUMNS):
 
      0.0000000E+00   0.0000000E+00   0.0000000E+00
      0.0000000E+00   0.0000000E+00   0.0000000E+00
      0.0000000E+00   0.0000000E+00   0.0000000E+00
 
 
HESSIAN MATRIX:
 
     -0.1050923E+06   0.5254676E+05   0.5254660E+05
                     -0.1050921E+06   0.5254651E+05
                                     -0.1050922E+06
 
VALUES OF SOME FUNCTIONS AT CPs (a.u.):
 
                Rho =    0.3167994E+00
        |GRAD(Rho)| =    0.5954278E+00
         GRAD(Rho)x =   -0.3527160E+00
         GRAD(Rho)y =   -0.4035196E+00
         GRAD(Rho)z =   -0.2594179E+00
          Laplacian =   -0.3152766E+06
 (-1/4)Del**2(Rho)) =    0.7881915E+05
            Diamond =    0.0000000E+00
        Metallicity =         Infinity
        Ellipticity =              NaN
 
INHOMOGENEITY PARAMETERS AT CPs (a.u.)
 
            Delta_u =    0.0000000E+00
            Delta_s =    0.0000000E+00
            Delta_t =    0.0000000E+00
            Inhom_s =         Infinity
           Inhom_ex =         Infinity
 
ENERGY COMPONENTS AT CPs (a.u.)
 
        Gb(Abramov) =    0.4227100E+00
        Vb(Abramov) =   -0.8454201E+00
        Hb(Abramov) =   -0.4227100E+00
             Ex_ueg =   -0.1595013E+00
             Ec_ueg =   -0.1990992E-01
           Delta_ex =    0.0000000E+00
           Delta_ec =    0.0000000E+00
           Delta_et =    0.0000000E+00
                Pxc =    0.8011147E+01
                Qxc =    0.1565521E+00          

其中:

  1. CP COORDINATES,临界点的坐标
  2. VALUES OF SOME FUNCTIONS AT CP(a.u.):
    1. Rho,临界点的电子密度
    2. |GRAD(Rho)|,临界点电子密度的梯度的模
    3. GRAD(Rho)x,临界点电子密度的梯度的x方向分量
    4. Laplacian,临界点的电子密度拉普拉斯值
    5. (-1/4)Del**2(Rho)):临界点电子密度二阶导乘以-(1/4)
    6. Metallicity:Jenkins' metallicity。参考文献:Comput.Theor.Chem. 2015,1053,112中方程67
  3. Delta_u、Delta_s、Delta_t:reduced density gradients (RDGs)约化密度梯度u、s、t的变化率。参考文献:Phys. Chem. Chem. Phys., 2014, 16, 14539中方程27
  4. Inhom_s、Inhom_ex:s and ex inhomogeneity lengths。参考文献:Chem.Phys.Lett. 2013,579,122中方程5、8
  5. Gb(Abramov):闭壳层临界点成键电子动能密度(考虑氢键)。参考文献:Acta Cryst. (1997). 153, 264,以及Chem.Phys.Lett. 1998,285,170方程1
  6. V_abramov = (ћ/4m)*laplacian - 2*G_abramov,参考:Chem.Phys.Lett. 1998,285,170方程2
  7. H_abramov = G_abramov + V_abramov
  8. Ex_ueg:临界点泛函LDA部分的交换能密度,其中ueg指LDA模型中的uniform electron gas,使用Dirac-Slater exchange
  9. Ec_ueg:临界点泛函LDA部分的相关能密度,使用Pade近似表达式,参考 Phys.Chem.Chem.Phys. 2014,16,14539中方程23
  10. Delta_ex、Delta_ec、Delta_et,代表临界点交换能、相关能、动能的变化率。参考文献:Phys. Chem. Chem. Phys., 2014, 16, 14539中方程24、26,<δex>(2)、<δec>(2)、<δeT>(2)
  11. Pxc、Qxc:J.Chem.Phys. 2010,132,211101方程9、12
adf/bondpath_cps.1525657705.txt.gz · 最后更改: 2018/05/07 09:48 由 liu.jun

© 2014-2022 费米科技(京ICP备14023855号