差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

--- adf:bondpath_cps [2016/11/01 09:08] – [结果查看] liu.jun
+++ adf:bondpath_cps [2022/06/05 21:01] (当前版本) – [晶体中键径、（原子、键、环、笼）临界点与Laplacian电子密度] liu.jun
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-======晶体中键径、（原子、键、环、笼）临界点、Laplacian电子密度的计算======
+======晶体中键径、（原子、键、环、笼）临界点与Laplacian电子密度，AIM分析======
+本文使用AMS2020.101以上版本完成。
 =====建模=====
-以$Na_2CO_3$为例进行演示。从American Mineralogist Crystal Structure Database可以免费下载其晶体结构的cif格式文件，通过ADFinput > Import Coordinates导入该晶体即可。
+从American Mineralogist Crystal Structure Database可以免费下载其晶体结构的cif格式文件，通过ADFinput > Import Coordinates导入该晶体即可。
 =====参数设置=====
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 =====结果查看=====
-点击SCM Logo > View > Properties > AIM(Bader)。点击窗口左下方AIM > Show details，并改动选项如下：
+点击SCM Logo > View > Properties > QTAIM(Topology)：
 {{ :adf:cps_bulk04.png?650 |}}
 其中：
-  * Color：Laplacian表示显示键径上的Laplacian电子密度
+  * 右下角默认显示密度，修改为Laplacian，该设置是显示键径的上该函数的值，以颜色表达大小、正负，用户可以点击底部AIM菜单 - Show Details 勾选右下角的bar，并设置色条范围。
-  * Critical Points和Bond Path的Radius值调整显示CP点的小球的大小和键径的粗细
+  * 要查看对应的元素（当前原子已经自动隐藏了，View - Molecule - Ball and Stick可以恢复显示），可以按Ctrl和减号（或加号）缩小（或放大）原子
-  * 修改Colormap，使得正负值颜色差别较大，便于观察
+  * 白色小球表示原子临界点，红色小球表示键临界点，绿色小球表示环临界点
-  * 勾选Bar显示不同颜色对应的Laplacian电子密度正负值
-  * 范围－0.2～0.2是为了区分清楚键径部分区域Laplacian绝对值很小的区域
-  * 要查看对应的元素，可以按Ctrl和减号（或加号）缩小（或放大）原子
-  * 用不同颜色的小球显示了原子、键、环、笼临界点，颜色如上图中窗口下方所示
-也可以通过观察键径上的临界点，观察键的类型，具体可以参考[[adf:densitylaplace]]，与之类似，周期性体系实际上也可以做Laplacian电子密度的切面图，但大多数情况，看起来非常不方便。
+也可以通过观察键径上的临界点，观察键的类型，具体可以参考[[adf:densitylaplace]]，与之类似，周期性体系实际上也可以做Laplacian电子密度的切面图，但大多数情况，看起来非常不方便。因此本例中，只显示了沿键径的Laplacian电子密度。
+SCM > Output中，也会显示临界点的信息，例如第三个CP：
+<code>
+CP #    3
+(RANK,SIGNATURE):     (3,+1)
+CP COORDINATES:      1.230000    0.000000   -0.000000
+EIGENVALUES OF HESSIAN MATRIX:
+     -0.1362022E-01   0.5913514E-01   0.5913514E-01
+EIGENVECTORS (ORTHONORMAL) OF HESSIAN MATRIX (COLUMNS):
+.0000000E+00  -0.1000000E+01   0.7142668E-06
+.0000000E+00  -0.7142668E-06  -0.1000000E+01
+.1000000E+01   0.0000000E+00   0.0000000E+00
+HESSIAN MATRIX:
+.5913514E-01  -0.3827476E-17  -0.9719615E-43
+.5913514E-01   0.1031231E-44
+                                     -0.1362022E-01
+VALUES OF SOME FUNCTIONS AT CPs (a.u.):
+                Rho =    0.2255976E-01
+        |GRAD(Rho)| =    0.4399692E-10
+         GRAD(Rho)x =   -0.4399622E-10
+         GRAD(Rho)y =    0.2465133E-12
+         GRAD(Rho)z =    0.3541265E-34
+          Laplacian =    0.1046501E+00
+ (-1/4)Del**2(Rho)) =   -0.2616251E-01
+            Diamond =    0.7179440E-02
+        Metallicity =    0.1186036E+01
+        Ellipticity =   -0.1230324E+01
+INHOMOGENEITY PARAMETERS AT CPs (a.u.)
+            Delta_u =    0.4747567E-01
+            Delta_s =    0.1203709E+01
+            Delta_t =    0.9973762E+00
+            Inhom_s =    0.8307657E+00
+           Inhom_ex =    0.9050722E+00
+ENERGY COMPONENTS AT CPs (a.u.)
+        Gb(Abramov) =    0.2261329E-01
+        Vb(Abramov) =   -0.1906406E-01
+        Hb(Abramov) =    0.3549225E-02
+             Ex_ueg =   -0.4707941E-02
+             Ec_ueg =   -0.9666544E-03
+           Delta_ex =   -0.5747309E-02
+           Delta_ec =    0.7298933E-03
+           Delta_et =   -0.6596139E-02
+                Pxc =    0.4870346E+01
+                Qxc =   -0.7874177E+01
+</code>
+其中：
+  - CP COORDINATES，临界点的坐标
+  - VALUES OF SOME FUNCTIONS AT CP(a.u.):
+    - Rho，临界点的电子密度
+    - |GRAD(Rho)|，临界点电子密度的梯度的模
+    - GRAD(Rho)x，临界点电子密度的梯度的x方向分量
+    - Laplacian，临界点的电子密度拉普拉斯值
+    - (-1/4)Del**2(Rho))：临界点电子密度二阶导乘以-(1/4)
+    - Metallicity：Jenkins' metallicity。参考文献：Comput.Theor.Chem. 2015,1053,112中方程67
+  - Delta_u、Delta_s、Delta_t：reduced density gradients (RDGs)约化密度梯度u、s、t的变化率。参考文献：Phys. Chem. Chem. Phys., 2014, 16, 14539中方程27
+  - Inhom_s、Inhom_ex：s and ex inhomogeneity lengths。参考文献：Chem.Phys.Lett. 2013,579,122中方程5、8
+  - Gb(Abramov)：闭壳层临界点成键电子动能密度（考虑氢键）。参考文献：Acta Cryst. (1997). 153, 264，以及Chem.Phys.Lett. 1998,285,170方程1
+  - V_abramov   = (ћ/4m)*laplacian - 2*G_abramov，参考：Chem.Phys.Lett. 1998,285,170方程2
+  - H_abramov   = G_abramov + V_abramov
+  - Ex_ueg：临界点泛函LDA部分的交换能密度，其中ueg指LDA模型中的uniform electron gas，使用Dirac-Slater exchange
+  - Ec_ueg：临界点泛函LDA部分的相关能密度，使用Pade近似表达式，参考 Phys.Chem.Chem.Phys. 2014,16,14539中方程23
+  - Delta_ex、Delta_ec、Delta_et，代表临界点交换能、相关能、动能的变化率。参考文献：Phys. Chem. Chem. Phys., 2014, 16, 14539中方程24、26，<δe<sub>x</sub>><sup>(2)</sup>、<δe<sub>c</sub>><sup>(2)</sup>、<δe<sub>T</sub>><sup>(2)</sup>
+  - Pxc、Qxc：J.Chem.Phys. 2010,132,211101方程9、12

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