这是本文档旧的修订版!
晶体中键径、(原子、键、环、笼)临界点、Laplacian电子密度的计算
建模
以$Na_2CO_3$为例进行演示。从American Mineralogist Crystal Structure Database可以免费下载其晶体结构的cif格式文件,通过ADFinput > Import Coordinates导入该晶体即可。
参数设置
结果查看
点击SCM Logo > View > Properties > AIM(Bader)。点击窗口左下方AIM > Show details,并改动选项如下:
其中:
Color:Laplacian表示显示键径上的Laplacian电子密度
Critical Points和Bond Path的Radius值调整显示CP点的小球的大小和键径的粗细
修改Colormap,使得正负值颜色差别较大,便于观察
勾选Bar显示不同颜色对应的Laplacian电子密度正负值
范围-0.2~0.2是为了区分清楚键径部分区域Laplacian绝对值很小的区域
要查看对应的元素,可以按Ctrl和减号(或加号)缩小(或放大)原子
用不同颜色的小球显示了原子、键、环、笼临界点,颜色如上图中窗口下方所示
也可以通过观察键径上的临界点,观察键的类型,具体可以参考如何通过计算拉普拉斯电子密度区分共价键和离子键。