adf:bondboost
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adf:bondboost [2022/05/06 19:46] – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun | adf:bondboost [2022/05/06 19:50] (当前版本) – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun |
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* R<sub>0</sub>指目标键长,例如O-H这里设置目标键长是1.5埃,当环或链条件满足时,检查O-H具体距离,如果大于目标键长,将产生拉力,如果小于键长,将产生推力。本例中,因为定义的条件中,当O-H距离在3.0~5.5埃时,才会施加外力,因此实际上只会产生“拉力”,没有机会产生推力(因为距离小于1.5埃时,条件已经不具备了)。这种情况下,目标键长并不需要精确,估算一个值即可,因为这种情况下它主要影响外力的大小,对实际键长没有影响。 | * R<sub>0</sub>指目标键长,例如O-H这里设置目标键长是1.5埃,当环或链条件满足时,检查O-H具体距离,如果大于目标键长,将产生拉力,如果小于键长,将产生推力。本例中,因为定义的条件中,当O-H距离在3.0~5.5埃时,才会施加外力,因此实际上只会产生“拉力”,没有机会产生推力(因为距离小于1.5埃时,条件已经不具备了)。这种情况下,目标键长并不需要精确,估算一个值即可,因为这种情况下它主要影响外力的大小,对实际键长没有影响。 |
* 类似地,环、链条件满足时,2~3之间会产生外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比R<sub>max</sub>=1.5还大。 | * 类似地,环、链条件满足时,2~3之间会产生外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比R<sub>max</sub>=1.5还大。 |
* 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中F∞是正比项,k是指数项。公式参考:https://www.scm.com/doc/OldReaxFF/BondBoost.html | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中F∞是正比项,k是指数项,调整F∞可以线性的调整力的大小。公式参考:https://www.scm.com/doc/OldReaxFF/BondBoost.html |
* **<color red>Restraints定义的原子对,不需要与上面定义的环、链顺序一致,甚至可以没有任何关系。例如环定义为1~2,2~3,3~4,4~1,Restraints也可以直接施加到2~4上。</color>**这种情况的话,就要非常注意R<sub>0</sub>的精确设置了,因为环、链条件没有关于2~4的,因此任何键长都可能存在的,那推力、拉力都有可能产生。 | * **<color red>Restraints定义的原子对,不需要与上面定义的环、链顺序一致,甚至可以没有任何关系。例如环定义为1~2,2~3,3~4,4~1,Restraints也可以直接施加到2~4上。</color>**这种情况的话,就要非常注意R<sub>0</sub>的精确设置了,因为环、链条件没有关于2~4的,因此任何键长都可能存在的,那推力、拉力都有可能产生。 |
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adf/bondboost.1651837601.txt.gz · 最后更改: 2022/05/06 19:46 由 liu.jun