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adf:bondboost [2022/03/04 21:31] – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun | adf:bondboost [2022/05/06 19:50] (当前版本) – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun | ||
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行 65: | 行 65: | ||
**Bond Boost参数:** | **Bond Boost参数:** | ||
- | * Bond Boost lifetime,指该每次作用多长时间?这里设置成了3万步,一般可以设置为2000或3000。 | + | * Bond Boost lifetime,指每次Restraints作用持续步数上限。这里设置成了3万步,一般可以设置为2000或3000。该时间结束后,会再次检测是否有符合条件的环、链(环、链含义见下文),以施加Restraints。因此该值设置的较大,则Bond boost工作频率就比较低。 |
- | * Number of instance,指同时施加Restraints的环、链(环、链含义见下文)数。 | + | * Number of instance,指同时施加Restraints的环、链数(参看下文后有助于理解此处),该数值设置越大,计算速度越慢。 |
**Atom types with region参数:** | **Atom types with region参数:** | ||
行 78: | 行 78: | ||
* R< | * R< | ||
* 类似地,环、链条件满足时,2~3之间会产生外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比R< | * 类似地,环、链条件满足时,2~3之间会产生外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比R< | ||
- | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中一个是正比项,另一个是指数项。公式参考:https:// | + | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中F∞是正比项,k是指数项,调整F∞可以线性的调整力的大小。公式参考:https:// |
* **<color red> | * **<color red> | ||