adf:applywallpotential
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| adf:applywallpotential [2022/11/23 16:56] – [ReaxFF-弹性墙壁：添加外电场、弹性墙壁] liu.jun | adf:applywallpotential [2023/11/03 21:48] (当前版本) – [设置球形弹性墙壁] liu.jun | ||
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| 模拟体系存在外加电场的情况下，如果有原子穿越Cell的边界，就会出现EEM电荷（EEM：ReaxFF计算原子电荷的方法模型）unphysically large相关报错。为了避免穿越Cell边界，因此需要设置一个弹性墙壁，限制原子的活动范围。当然这就变成了一个**非周期性**的体系，为了避免分子扩散，同理也是需要这个弹性墙壁的。 | 模拟体系存在外加电场的情况下，如果有原子穿越Cell的边界，就会出现EEM电荷（EEM：ReaxFF计算原子电荷的方法模型）unphysically large相关报错。为了避免穿越Cell边界，因此需要设置一个弹性墙壁，限制原子的活动范围。当然这就变成了一个**非周期性**的体系，为了避免分子扩散，同理也是需要这个弹性墙壁的。 | ||
| - | 下面以一个简单的例子，演示如何添加外电场，以及如何添加弹性墙壁。思路如下：首先创建一个常规的盒型体系，**去掉周期性**（Main中周期性设置为None），然后将其修改为球形，设置外加电场后，设置球形弹性墙壁，球半径略大于模型半径。 | + | 下面以一个简单的例子，演示如何添加外电场，以及如何添加弹性墙壁。思路如下：首先创建一个常规的盒型体系，**去掉周期性（Main中周期性设置为None）**，然后将其**修改为球形**，设置外加电场后，设置球形弹性墙壁，球半径略大于模型半径。 |
| 本教程适用于AMS2022及其以上版本，2019及以前的版本，请参考：[[adf: | 本教程适用于AMS2022及其以上版本，2019及以前的版本，请参考：[[adf: | ||
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| Enabled Yes | Enabled Yes | ||
| - | Gradient | + | Gradient |
| Prefactor 1.0 | Prefactor 1.0 | ||
| Radius 17 | Radius 17 | ||
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| End | End | ||
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| - | 这里Gradient是弹性墙壁的Potential强度变化梯度，我们设置为100一般来说是足够大，Prefactor是Potential的指前因子，Radius是球半径，单位为Å，这里我们设置为17 Å，足以将之前的原子全部包围。 | + | 这里Gradient是描述弹性墙壁的Potential强度变化梯度，单位是1/ |
| 这个字段可以添加在*.run文件任何字段之间，例如在MolecularDynamics字段后面（该例子是一个NVT系综）： | 这个字段可以添加在*.run文件任何字段之间，例如在MolecularDynamics字段后面（该例子是一个NVT系综）： | ||
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| Enabled Yes | Enabled Yes | ||
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| Prefactor 1.0 | Prefactor 1.0 | ||
| Radius 17 | Radius 17 | ||
adf/applywallpotential.1669193766.txt.gz · 最后更改: 2022/11/23 16:56 由 liu.jun