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adf:applywallpotential

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adf:applywallpotential [2022/10/25 11:22] – [设置球形弹性墙壁] liu.junadf:applywallpotential [2023/11/03 21:48] (当前版本) – [设置球形弹性墙壁] liu.jun
行 2: 行 2:
 LAMMPS中，外加电场时，只考虑电场对原子的“受力”的影响，不考虑对能量（进而对化学反应）的影响。在AMS中，电场的影响不仅仅体现在力上，也体现在能量上。 LAMMPS中，外加电场时，只考虑电场对原子的“受力”的影响，不考虑对能量（进而对化学反应）的影响。在AMS中，电场的影响不仅仅体现在力上，也体现在能量上。
  
-模拟体系存在外加电场的情况下，如果有原子穿越Cell的边界，就会出现EEM电荷（EEM：ReaxFF计算原子电荷的方法模型）unphysically large相关报错。为了避免穿越Cell边界，因此需要设置一个弹性墙壁，限制原子的活动范围。当然这就变成了一个非周期性的体系，为了避免分子扩散，同理也是需要这个弹性墙壁的。+模拟体系存在外加电场的情况下，如果有原子穿越Cell的边界，就会出现EEM电荷（EEM：ReaxFF计算原子电荷的方法模型）unphysically large相关报错。为了避免穿越Cell边界，因此需要设置一个弹性墙壁，限制原子的活动范围。当然这就变成了一个**非周期性**的体系，为了避免分子扩散，同理也是需要这个弹性墙壁的。
  
-下面以一个简单的例子，演示如何添加外电场，以及如何添加弹性墙壁。思路如下：首先创建一个常规的盒型体系，然后将其修改为球形，设置外加电场后，设置球形弹性墙壁，球半径略大于模型半径。+下面以一个简单的例子，演示如何添加外电场，以及如何添加弹性墙壁。思路如下：首先创建一个常规的盒型体系，**去掉周期性（Main中周期性设置为None）**，然后将其**修改为球形**，设置外加电场后，设置球形弹性墙壁，球半径略大于模型半径。 
 + 
 +本教程适用于AMS2022及其以上版本，2019及以前的版本，请参考：[[adf:externalef]]
  
 =====建模===== =====建模=====
行 17: 行 19:
 ====将体系修改为球形==== ====将体系修改为球形====
  
-选中某个原子（尽量选中坐标原点附近的原子，因为在AMS2022.101版中有一个bug：原点不可以更改，否则设置弹性墙壁后计算会报错，后续版本应会修复）。然后Select → Select within Radius，输入一个半径例如12 Å（建议这个值略小于Cell直径的一半，确保球在Cell内），OK。这样一个半径为12 Å的一个球被选中了，此时球表面有的分子只有部分原子被选中，我们希望完整的分子都被选中，因此我们按Ctrl m键，则相关完整分子都被选中了（也意味着半径略有扩大）。+**Main → Periodicity设置为None**。选中尽量接近坐标原点的某个原子，然后Select → Select within Radius，输入一个半径例如12 Å（建议这个值略小于Cell直径的一半，确保球在Cell内），OK。这样一个半径为12 Å的一个球被选中了，此时球表面有的分子只有部分原子被选中，我们希望完整的分子都被选中，因此我们按Ctrl m键，则相关完整分子都被选中了（也意味着半径略有扩大）。
  
 Select - Invert Selection反选，然后del键删除，这样留下来的，就是刚才半径约为12 Å的一个球： Select - Invert Selection反选，然后del键删除，这样留下来的，就是刚才半径约为12 Å的一个球：
行 43: 行 45:
 </code> </code>
  
-AMS2022.101的GUI无法将该设置读入，2022.102版将修复。因此AMS2022.101用户需要自行将上述3行，添加到*.run文件中相应应位置，具体案例参考下文。+
 ====设置球形弹性墙壁==== ====设置球形弹性墙壁====
  
-设置基本分子动力学参数，例如力场、系综、温度、步数、保存轨迹的频率等等，可以参考其他教程。设置完毕后保存作业，在生成的*.run文件中，我们添加如下字段：+照常设置基本分子动力学参数，例如力场、系综、温度、步数、保存轨迹的频率等等，可以参考其他教程。设置完毕后保存作业，在生成的*.run文件中，我们添加如下字段：
 <code> <code>
 EngineAddons EngineAddons
    WallPotential    WallPotential
       Enabled Yes       Enabled Yes
-      Gradient 100.0+      Gradient 5.0
       Prefactor 1.0       Prefactor 1.0
       Radius 17       Radius 17
行 57: 行 59:
 End End
 </code> </code>
-这里Gradient是弹性墙壁的Potential强度变化梯度，我们设置为100一般来说是足够大，Prefactor是Potential的指前因子，Radius是球半径，单位为Å，这里我们设置为17 Å，足以将之前的原子全部包围。+这里Gradient是描述弹性墙壁的Potential强度变化梯度，单位是1/Å，这个值设置的越小，墙壁越陡峭，可以理解为墙壁的厚度为这个值。因此一般建议这个值设置的很小例如5。这里Prefactor是Potential的指前因子，Radius是球半径，单位为Å，这里我们设置为17 Å，足以将之前的原子全部包围。
  
-这个字段可以添加在*.run文件任何字段之间，例如在MolecularDynamics字段后面：+这个字段可以添加在*.run文件任何字段之间，例如在MolecularDynamics字段后面（该例子是一个NVT系综）：
 <code> <code>
 MolecularDynamics MolecularDynamics
行 75: 行 77:
    WallPotential    WallPotential
       Enabled Yes       Enabled Yes
-      Gradient 100.0+      Gradient 5.0
       Prefactor 1.0       Prefactor 1.0
       Radius 17       Radius 17
adf/applywallpotential.1666668122.txt.gz · 最后更改: 2022/10/25 11:22 由 liu.jun

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