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--- adf:3d-rism [2017/09/15 13:49] – liu.jun
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-======如何使用高阶的溶剂化功能3D-RISM======
-**背景知识：**
-与COSMO、SCRF等溶剂化模型相比，3D-RISM溶剂化模型，对溶剂、溶质、二者的相互作用考虑的更细致。例如COSMO溶剂化将溶剂简单地考虑成一个连续的介质（所以要求输入溶剂的介电常数，当然ADF中已经内置了常用的几十种溶剂的介电常数等参数），完全不考虑溶剂分子的内部微观结构。溶剂对溶质分子的作用，为一个宏观的“场”的作用。
-D-RISM更细致的考虑了溶剂分子，到微观原子层面（还未到电子的层面）。因此考虑了溶剂分子中的原子与溶质分子中的原子的相互作用被考虑到了（当然精度如何就不一定了）。而如何考虑溶质与溶剂之间原子的相互作用，则借用了Lennard-Jones力场的作用模型。因此下面可以看到，要输入大量关于原子的来自Lennard-Jones力场的参数。
-由于参数太多，所以目前没有将其图形化。必须手动修改参数（具体见下面的介绍）。因此这个功能属于专家级功能。
-可以用于溶质分子的电子结构计算、过渡态搜索、频率计算等等。
-**使用方法：**
-如下以乙醇分子在水溶液中为例演示。
-第一步：常规参数设置，参考费米科技WIKI中的其他案例。
-第二步：3D-RISM相关的设置：
-**1）需要将密度拟合从默认的Zlm方法改为STO拟合：**
-{{ :adf:3d-rism01.png |}}
-**2）设置溶剂**
-{{ :adf:3d-rism02.png |}}
-其中的参数如下：
-  RISM title
-  RISM1D
-  FLUIDPARAM temper=298. DielConst=78.497 UTotDens=1/A3 0.03333
-  SUBEND
-  SOLVENT water
-  UNITS uWeight=g/mol ULJsize=A ULJenergy=kcal/mol Ucoord=A
-  Udens=1/A3
-  PARAMETERS Weight=18.015 nAtoms=2
--0.8476 3.166 0.1554 0.000000 0.00000 0.000000
-0.4238 1.000 0.0460 -0.816490 0.00000 0.577359
-.816490 0.00000 0.577359
-  DENSPE=0.03333
-  SUBEND
-  SOLUTE water
-  BOXSIZE 10 10 10
-  BOXGRID 100 100 100
-  SUBEND
-  END
-图中，**溶剂分子**的详细参数：
-nAtoms是原子（或官能团）的种类数目，水分子做为溶剂，此处有两种：O原子和H原子。
--0.8476 3.166 0.1554 0.000000 0.00000 0.000000
-0.4238 1.000 0.0460 -0.816490 0.00000 0.577359
-.816490 0.00000 0.577359
-是原子（或官能团）的序号；
--0.8476是在溶剂分子中，该原子的点位电荷（site charge），这个值可以查表（见https://www.scm.com/doc/ADF/Input/3D-RISM.html附录的参数）或者通过计算得到；
-.166和0.1554是所谓的σ<sub>α</sub>和ε<sub>α</sub>。溶剂分子中，每个原子这两个值可以在Lennard-Jones力场参数集中查到；
-后面的三个数字是该原子的xyz坐标。对此处而言，也就是需要创建一个水分子，将其xyz坐标列出来。此处的坐标与溶质分子没有关系。可以是在任意坐标系下，或者说坐标原点可以随意设置。
-0.4238 1.000 0.0460 -0.816490 0.00000 0.577359
-.816490 0.00000 0.577359
-这是H原子的，因为这个类别，有两个原子，所以前面的参数列了一遍，后面的坐标，列了两行，分别对应两个原子。
-**3）设置溶质：**
-上面的设置完成之后，保存任务（File-Save as），会产生一个*.run文件。
-此处对溶质分子的设置，仍然不能在图形界面里面设置，需要在*.run文件里面修改（可以在ADFjobs窗口，）：
-{{ :adf:3d-rism03.png |}}
-格式如下（在*.run文件中ATOMS与END之间的原子坐标列表区域修改）：
-{{ :adf:3d-rism04.png |}}
-设置完毕，运行计算即可。

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