差别

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--- adf:1hnmrwithssc [2019/12/06 22:06] – [NMR化学位移、自旋－自旋耦合常数] liu.jun
+++ adf:1hnmrwithssc [2020/11/12 17:06] (当前版本) – 移除 liu.jun
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-======NMR化学位移、自旋-自旋耦合-NMR化学位移======
-使用ADF的图形界面，可以直接对比计算结果与实验结果：
-{{ :adf:1hnmrwithssc01.png?650 }}
-计算前，请务必参考：
-  * [[adf:parametersfornmr]]
-  * [[adf:socaffectnmr]]
-本教程使用AMS2019.301完成
-=====第一步：结构优化=====
-参考：[[adf:geoopt]]，NMR相关计算，可以使用高精度优化，例如：
-  * Hybrid:PBE0
-  * Basis: TZP
-  * Frozen core: None
-  * Numerical Quality: Good
-[[https://www.scm.com/doc.trunk/Tutorials/_downloads/Ethyl_acetate.xyz|优化完成的分子结构（点击下载）]]
-=====第二步：NMR计算=====
-{{ :adf:1hnmrwithssc02.png?650 }}
-{{ :adf:1hnmrwithssc03.png?650 }}
-注意：
-  * 如果只需要计算其中一部分原子的NMR，可以在窗口左边选中这些原子，然后点击右方窗口NMR shielding for atoms后面的➕；
-  * 如果只考虑部分原子对某些原子的自旋－自旋耦合，可以分别选中这些原子，在下方的Perturbing atoms和Responding atoms后面的➕
-  * 如果不考虑自旋-自旋耦合，则不设置上图中Spin-Spin Coupling即可。
-  * 基组中，J-TZ2P或QZ4P是专用于NMR计算的基组
-保存任务，并运行。
-=====第三步：结果查看=====
-====NMR化学位移、自旋－自旋耦合常数====
-====查看$^1$H-NMR谱====
-ADF LOGO > Spectra:
-{{ :adf:1hnmrwithssc05.png?650 }}
-这是没有自旋－自旋耦合的结果。每个峰都对应着某个原子，点击这些原子，对应的峰也被选中了。对这个分子而言，中间的两个H原子是等价的，因此可以进行平均：选中左边窗口的这两个H原子，按Ctrl G（或者点击菜单Regions → New Region From Selected Atoms）这样，谱图就对这两个H原子进行了平均。类似地，可以分别对两个甲基上的三个H原子进行平均。从而得到只有三个峰的谱图。
-====查看加入自旋－自旋耦合的$^1$H-NMR谱====
-点击谱图窗口右下角的Coupling勾选框，谱图就变为了自旋－自旋耦合分裂的图谱：
-{{ :adf:1hnmrwithssc06.png?650 }}
-====与实验对比====
-不要关闭上面的谱图窗口。在http://sdbs.db.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi（点击窗口下方的“I agree the disclaimer and use SDBS）”按钮才能搜索。搜索“ethyl acetate”，
-{{ :adf:1hnmrwithssc07.png?650 }}
-选择ethyl acetate的HNMR数据：
-{{ :adf:1hnmrwithssc08.png?550 }}
-点击窗口左下角的“peak data”，复制这些数据：
-<code bash>
-.88   4.242     52
-.75   4.163    171
-.56   4.082    180
-.50   4.003     62
-.56   2.039   1000
-.69   1.337    245
-.63   1.258    560
-.38   1.177    214
-</code>
-回到ADF的谱图窗口，直接ctrl v粘贴这些数据，会弹出提示，问图谱的x值是第几列数据，显然是上面的第1列，图谱的y显然是上面的第2列数据。所以在对话框分别输入1和2即可看到是实验谱和计算谱在同一个窗口了。
-还应该修改Coupling后面的频率（默认值为200MHz），本例中，实验上，是用89.56Hz的信号去检测的，因此可以修改为89.56:
-{{ :adf:1hnmrwithssc09.png?650 }}

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