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弛豫与优化
在使用ReaxFF进行正式的分子动力学模拟之前,一般会对体系进行弛豫(relax)或者能量最小化(或者叫做结构优化)。
能量最小化:对于ReaxFF而言,只需要将Task选为Energy Minimization,同时选择合适的力场、Method(即系综,可以参考
系综简述)就可以了。温度、和压强不需要理会,设置了也不会读取。一般而言,很难真正收敛,所以一般反复优化几次,也就可以了。
弛豫:实际上就是一个分子动力学模拟,不过这种模拟一般温度设置的很低,这样确保体系不发生反应,保持为原汁原味的“反应物”状态。使用的力场、系综、温度、压强、弛豫所需要的分子动力学步数(一般不需要弛豫很久,不需要高于1ps,但最好也要高于0.1ps),可以参考其他文献即可。
弛豫或者能量最小化的目的,是为了得到一个平衡、均匀的反应物。防止初始结构不合理,而导致分子动力学模拟结果不可靠。因此弛豫的时候,采用低温的目的就是为了不要发生反应。