在使用ReaxFF进行正式的分子动力学模拟之前，一般会对体系进行弛豫（relax）或者能量最小化（或者叫做结构优化）。

1. 能量最小化：对于ReaxFF而言，只需要将Task选为Energy Minimization，同时选择合适的力场、Method（即系综，可以参考系综简述）就可以了。温度、和压强不需要理会，设置了也不会读取。一般而言，很难真正收敛，所以一般反复优化几次，也就可以了。

1. 弛豫：实际上就是一个分子动力学模拟，不过这种模拟一般温度设置的很低，这样确保体系不发生反应，保持为原汁原味的“反应物”状态。使用的系综、温度、压强、弛豫所需要的分子动力学步数（一般不需要弛豫很久，不需要高于1ps），可以参考其他文献即可。